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[GROMACS] 求助,计算分子对接结合区域的疏水性

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楼主
本帖最后由 5撇到3撇 于 2022-7-31 22:30 编辑

请教大家,如何评价配体结合位点的疏水性,我想探讨一下配体分子结合后对蛋白结合部位疏水性的影响,是否可以将结合区域的残基在index.ndx中建立一个组,然后单独计算这个组的sasa?若疏水的sasa随模拟时间下降,是否可以说明配体结合后该区域的疏水性受到影响?谢谢

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发表于 Post on 2022-8-1 05:11:45 | 只看该作者 Only view this author
总的SASA没意义,要是分别计算疏水和亲水SASA在结合前后的变化那可能还有点意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-1 14:00:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-1 05:11
总的SASA没意义,要是分别计算疏水和亲水SASA在结合前后的变化那可能还有点意义

谢谢老师,还想问一下,如果疏水的sasa下降的话是不是就意味着一些疏水残基藏在了内部,导致蛋白的疏水性下降?

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发表于 Post on 2022-8-1 22:03:06 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2022-8-1 14:00
谢谢老师,还想问一下,如果疏水的sasa下降的话是不是就意味着一些疏水残基藏在了内部,导致蛋白的疏水性 ...

如果你是指对于复合物的构象下,蛋白质的部分计算SASA,可以这么认为
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-2 13:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-1 22:03
如果你是指对于复合物的构象下,蛋白质的部分计算SASA,可以这么认为

明白啦,谢谢老师

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