求助VASP优化FeS2 (100)面上吸附构型时，吸附的IO4离子畸变

neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 09:29:56

wzkchem5 发表于 2022-8-8 00:44
对，并且最好再加一些显式溶剂分子

谢谢老师~
显式溶剂分子加多少合适呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-8 14:53:08

neocc 发表于 2022-8-8 02:29
谢谢老师~
显式溶剂分子加多少合适呢

最好让抗衡离子和IO4-的第一配位层完全饱和，如果有条件的话FeS2的表面最好也铺一层

neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 19:43:07

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:53
最好让抗衡离子和IO4-的第一配位层完全饱和，如果有条件的话FeS2的表面最好也铺一层

好的，谢谢老师^_^

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-28 22:21:56

yh545930564 发表于 2022-8-7 22:29
谢谢您的指点。
终态产物我再确定一下；然后电荷的话，我找下资料加个抗衡离子再试试 ...

请问一下，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行了？
按照我的理解，抗衡离子加上以后，体系电荷守恒，就不需要再设置NELECT了

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-28 22:22:41

wzkchem5 发表于 2022-8-8 00:44
对，并且最好再加一些显式溶剂分子

请问一下老师，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行了？
按照我的理解，抗衡离子加上以后，体系电荷守恒，就不需要再设置NELECT了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-29 09:08:14

汪杰发表于 2025-5-28 22:22
请问一下老师，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行 ...

加了抗衡离子以后，总体系为电中性，按照总体系为电中性来设置就行了

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-29 09:53:21

wzkchem5 发表于 2025-5-29 09:08
加了抗衡离子以后，总体系为电中性，按照总体系为电中性来设置就行了

明白了，谢谢老师，那请问老师这个抗衡离子，应该放在哪里比较好呢？这个问题查询很久了也没找到答案

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-29 11:12:15

汪杰发表于 2025-5-29 09:53
明白了，谢谢老师，那请问老师这个抗衡离子，应该放在哪里比较好呢？这个问题查询很久了也没找到答案

原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡离子主要在哪里，那就放在哪里。但是这样的计算成本太高了，基本得靠DeePMD之类的方法才能采样得比较充分。
如果要我来算，而且构型搜索、AIMD跑不动的话，我会选一个溶液里实际存在的、非配位的抗衡离子（或者第一配位层的溶剂显式描述的抗衡离子），放在待研究分子附近。但我手头暂时找不到加抗衡离子的文献，如果需要文献支持的话，你可以再查查。不要查”抗衡离子要加在哪“这个问题的答案，而是查大量研究离子在表面上吸附的文献，看抗衡离子一般加在哪

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-29 11:14:57

wzkchem5 发表于 2025-5-29 11:12
原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡 ...

非常感谢老师的回答，确实现在加抗衡离子的文章非常少，基本上都是直接将原子当作离子来计算的。搜了挺久的没找到这样类型的文章。。。

chy914681393 · 发表于 Post on 2025-8-18 11:50:26

wzkchem5 发表于 2025-5-29 11:12
原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡 ...

老师您好，我也遇到了一个类似的问题，我做的是水系锌电体系，其中构建了一层ZnF2用作SEI层，然后研究锌离子在ZnF2表面的吸附行为，我看基本所有的文章都是直接在表面建立一个中性原子进行吸附，审稿人问到了这个问题：是否考虑锌吸附原子的电荷？
所以想请教一下您看这个问题应该怎么回复？是否有必要用VASPsol进行计算？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-8-18 12:04:35

chy914681393 发表于 2025-8-18 11:50
老师您好，我也遇到了一个类似的问题，我做的是水系锌电体系，其中构建了一层ZnF2用作SEI层，然后研究锌 ...

溶剂模型肯定是要加的，而且Zn的第一配位层的水分子必须显式描述

chy914681393 · 发表于 Post on 2025-8-18 12:11:17

wzkchem5 发表于 2025-8-18 12:04
溶剂模型肯定是要加的，而且Zn的第一配位层的水分子必须显式描述

好的，非常感谢老师，那您看这种情况我怎么分配给锌离子电荷呢？还是说需要添加抗衡离子呀？我是ZnSO4的液体环境。再次感谢老师在百忙之中给予回复！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-8-18 14:20:18

chy914681393 发表于 2025-8-18 12:11
好的，非常感谢老师，那您看这种情况我怎么分配给锌离子电荷呢？还是说需要添加抗衡离子呀？我是ZnSO4的 ...

原则上应该加一个硫酸根离子。
其实只放一个Zn而不放抗衡离子，也算是锌离子吸附，但此时对应的是吸附一个Zn2+、同时往电极加两个电子的过程，不是纯粹的吸附过程。如果你要算的吸附就是【吸附+往电极加两个电子】，那就不加抗衡离子，但即使如此也要对加的那个Zn做显式溶剂化

chy914681393 · 发表于 Post on 2025-8-18 14:31:49

wzkchem5 发表于 2025-8-18 14:20
原则上应该加一个硫酸根离子。
其实只放一个Zn而不放抗衡离子，也算是锌离子吸附，但此时对应的是吸附一 ...

呀谢谢老师您一点拨我感觉就明白很多了，确实如您所说，我这个体系不应该是单纯加Zn原子，因为SEI层存在的意义是诱导离子扩散与吸附，而并未直接在表面处发生反应，根据您的指点，我感觉应该是锌原子（周围水溶剂化）+硫酸根离子+VASPsol隐式溶剂化这样算出来的吸附是不是最合理的模型呀？如果要这样操作我有两个不解还望老师帮忙解答：
1. 硫酸根离子和水合锌原子之间的相对位置怎么安排呢？是应该排的远一些吗？
2. 那如果不是SEI层而是直接参与反应的锌金属负极（锌离子直接还原形成锌）是不是就不用安排硫酸根离子了？

小鸟游Ayaka · 发表于 Post on 2025-10-22 15:12:57

wzkchem5 发表于 2025-5-29 11:12
原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡 ...

请问各位老师，我在用vasp计算PMS离子吸附到TiO2上的吸附能时，如果用抗衡离子K+来配平电荷，我是应该把K和PMS放一起结构优化还是放到 TiO2 slab里面
就是Eads = E(slab,K,PMS) -Eslab -E(PMS,K)，还是Eads = E（slab,K,PMS) -E(slab,K) -EPMS，
如果是后者和slab放一起，是不是会造成slab这个周期性体系带电了
但我将K和PMS放一起，他们结构优化完就成键了，所以我应该固定K的位置，不让他移动吗

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