求助VASP优化FeS2 (100)面上吸附构型时，吸附的IO4离子畸变

neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 09:29:56

wzkchem5 发表于 2022-8-8 00:44
对，并且最好再加一些显式溶剂分子

谢谢老师~
显式溶剂分子加多少合适呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-8 14:53:08

neocc 发表于 2022-8-8 02:29
谢谢老师~
显式溶剂分子加多少合适呢

最好让抗衡离子和IO4-的第一配位层完全饱和，如果有条件的话FeS2的表面最好也铺一层

neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 19:43:07

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:53
最好让抗衡离子和IO4-的第一配位层完全饱和，如果有条件的话FeS2的表面最好也铺一层

好的，谢谢老师^_^

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-28 22:21:56

yh545930564 发表于 2022-8-7 22:29
谢谢您的指点。
终态产物我再确定一下；然后电荷的话，我找下资料加个抗衡离子再试试 ...

请问一下，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行了？
按照我的理解，抗衡离子加上以后，体系电荷守恒，就不需要再设置NELECT了

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-28 22:22:41

wzkchem5 发表于 2022-8-8 00:44
对，并且最好再加一些显式溶剂分子

请问一下老师，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行了？
按照我的理解，抗衡离子加上以后，体系电荷守恒，就不需要再设置NELECT了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-29 09:08:14

汪杰发表于 2025-5-28 22:22
请问一下老师，这个模型应该怎么设置电荷呢？如果加了抗衡离子，是不是在模型中放置一个相应的原子就行 ...

加了抗衡离子以后，总体系为电中性，按照总体系为电中性来设置就行了

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-29 09:53:21

wzkchem5 发表于 2025-5-29 09:08
加了抗衡离子以后，总体系为电中性，按照总体系为电中性来设置就行了

明白了，谢谢老师，那请问老师这个抗衡离子，应该放在哪里比较好呢？这个问题查询很久了也没找到答案

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-29 11:12:15

汪杰发表于 2025-5-29 09:53
明白了，谢谢老师，那请问老师这个抗衡离子，应该放在哪里比较好呢？这个问题查询很久了也没找到答案

原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡离子主要在哪里，那就放在哪里。但是这样的计算成本太高了，基本得靠DeePMD之类的方法才能采样得比较充分。
如果要我来算，而且构型搜索、AIMD跑不动的话，我会选一个溶液里实际存在的、非配位的抗衡离子（或者第一配位层的溶剂显式描述的抗衡离子），放在待研究分子附近。但我手头暂时找不到加抗衡离子的文献，如果需要文献支持的话，你可以再查查。不要查”抗衡离子要加在哪“这个问题的答案，而是查大量研究离子在表面上吸附的文献，看抗衡离子一般加在哪

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-29 11:14:57

wzkchem5 发表于 2025-5-29 11:12
原则上讲，最严格的做法要做构型搜索，或者AIMD，算出来抗衡离子放在哪里自由能最低，或者AIMD轨迹里抗衡 ...

非常感谢老师的回答，确实现在加抗衡离子的文章非常少，基本上都是直接将原子当作离子来计算的。搜了挺久的没找到这样类型的文章。。。

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