怎么从gibbs.xpm文件中提取自由能数据？

bingzan · 发表于 Post on 2022-8-17 08:52:30

各位老师好，我需要绘制自由能形貌图（横轴是RMSD，纵轴为Rg），不是主成分分析法。算出rmsd和rg后，我用gmx sham输出了gibbs.xpm。

我需要提取数据自行绘制。所以我需要把该xpm文件转化成txt，从而提取能量数值。我从一篇文献（https://data.mendeley.com/datasets/r52v2drd9b/1）中下载了xpm2txt.py，
python2.7 xpm2txt.py -f gibbs.xpm -o gibbs.txt ，但是一直报错 “Key error”，请帮我看看是什么问题？或者还有别的办法能提取能量数据吗？

lyj714 · 发表于 Post on 2022-8-17 15:28:48

只能自己修改一下脚本，此脚本没有考虑这种双字符表示颜色的xpm文件

bingzan · 发表于 Post on 2022-8-17 16:27:11

本帖最后由 bingzan 于 2022-8-17 16:30 编辑

谢谢楼上的解答，但是我不会python，目前刚开始学，不知道怎么改。请问还有别的方式可以提取数据吗？或许gmx energy可以吗？

bingzan · 发表于 Post on 2022-8-17 17:00:23

成功了！我发现，如果使用gmx sham -tsham 310 -nlevels 100 -f output.xvg -ls gibbs.xpm -g gibbs.log -lsh enthalpy.xpm -lss entropy.xpm 的话，输出的gibbs.xpm是双字符表示颜色的。但是如果按照链接中文献，只用gmx sham -f gsham-file.xvg -ls free-energy-landscape.xpm的话，输出的Gibbs.xpm是单字符表示颜色的，就能用xpm2txt代码了。

starparyer · 发表于 Post on 2025-6-21 13:58:05

bingzan 发表于 2022-8-17 17:00
成功了！我发现，如果使用gmx sham -tsham 310 -nlevels 100 -f output.xvg -ls gibbs.xpm -g gibbs.log -l ...

非常感谢楼主提示，找到问题了，链接那个有 -tsham 310 -nlevels 100 -f 特殊设置，所以不能直接copy，可以修改一下那个xpm_to_txt代码，修改之后可以针对双字符xpm进行读取，最后得到结果，感激~

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