加球形限制势的时候中心位置的确定

wwp · 发表于 Post on 2022-9-11 21:13:10

各位老师好

我有一个问题，在orca里做aimd的时候要加入一个球形的限制势，这个时候我怎么快速的能够确定体系的中心位置呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-11 23:09:42

很多可视化软件有把分子的电荷中心或重心对齐到原点的功能（有的是不仅对齐到原点还旋转分子的取向，也就是rotate to standard orientation）。用这个功能对齐以后，把中心位置设为(0,0,0)就行了。
此外，因为MD限制势的中心位置并不严格要求在体系中心（即使不在中心，MD过程中分子也会自己跑到限制势的中心附近），所以也可以挑一个肉眼看起来差不多在体系中心的原子，用那个原子的坐标作为限制势的中心即可

wwp · 发表于 Post on 2022-9-12 09:23:17

wzkchem5 发表于 2022-9-11 23:09
很多可视化软件有把分子的电荷中心或重心对齐到原点的功能（有的是不仅对齐到原点还旋转分子的取向，也就是 ...

那实际上在加限制势的时候也不太不需要注意中心点的位置，就差不多加找一个点，在模拟的过程中，整个体系自己就会移动到中心上去吧？

exity · 发表于 Post on 2022-9-12 11:32:08

把你的体系载入VMD，然后在命令窗口输入如下命令测量质心（去掉weight mass则是测量几何中心）
measure center [atomselect top all] weight mass

wwp · 发表于 Post on 2022-9-12 14:39:10

exity 发表于 2022-9-12 11:32
把你的体系载入VMD，然后在命令窗口输入如下命令测量质心（去掉weight mass则是测量几何中心）
measure ce ...

哦哦，好的谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-12 15:16:59

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

上文里Multiwfn的功能直接就能把体系（或某个片段）挪到坐标原点

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-12 15:30:03

wwp 发表于 2022-9-12 02:23
那实际上在加限制势的时候也不太不需要注意中心点的位置，就差不多加找一个点，在模拟的过程中，整个体系 ...

对，不管初始中心位置准还是不准，整个体系的位置都会在中心附近运动

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