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[CP2K] 求助vmd做等值面时配位键显示不了

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按照sob老师在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)的方法,用cp2k计算的结果做电子-空穴分析,导入vmd发现配位键没有了。这个怎么设置呢?

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发表于 Post on 2022-9-17 18:08:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2022-9-17 18:10 编辑

可以把 CPK 显示模式改为 VDW,减小半径。

然后点击 Create Rep ,相当于增加图层。在新增加的图层里,选择 DynamicBonds,然后增大 Distance Cutoff 的数值。

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发表于 Post on 2022-9-18 04:23:04 | 只看该作者 Only view this author
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

自己连上就完了。如果要连的太多,手动操作麻烦,可以按2L的做法

还有个办法是,用Multiwfn的主功能100的子功能2导出gjf文件,然后载入gview,如果gview里连接关系都对(个别不对的也可以自己连),然后保存成mol2文件,再把mol2文件载入VMD。mol2文件里记录了连接关系,VMD也会利用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-18 11:14:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-18 04:23
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534(http://bbs.keinsci.com/thread- ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-18 11:14:33 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-9-17 18:08
可以把 CPK 显示模式改为 VDW,减小半径。

然后点击 Create Rep ,相当于增加图层。在新增加的图层里, ...

感谢

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