MD模拟过程疑问

whtu · 发表于 Post on 2016-5-10 10:52:39

我在看文献的时候，看到一些MD模拟，开始时是在NPT系综跑2ns，接着继续在NVT系综跑。我想请教为什么要跑NPT系综的2ns？不能一直跑NVT么？我是MD小白，没做过MD的

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-10 12:36:14

简单点说就是在NPT系综下进行体系的平衡，在NVT系综下进行数据收集和分析。有些情况下，是先进行能量最小化（EM），然后直接进行NVT模拟，或者是EM，然后在NPT系综下进行数据的收集。

一般的套路：建模-EM-NPT平衡-NVT数据收集分析

有些情况比较特殊就会出现：建模-EM-NPT模拟或者建模-EM-NVT模拟

具体的操作方式和你所研究的体系相关，一般文献在simulation methods部分会写出来，多看点文献就会了解一点！

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-10 14:10:33

ruanyang 发表于 2016-5-10 12:36
简单点说就是在NPT系综下进行体系的平衡，在NVT系综下进行数据收集和分析。有些情况下，是先进行能量最 ...

什么体系在NVT下收集数据？

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-10 14:25:22

很多啊，用gromacs的都是这样

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-10 14:25:35

也不能说都是，只是大部分

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-10 22:15:08

用npt系综先跑是因为要让体系的压力合理，自建的体系压力很难恰好是1atm

用nvt续跑大多数情况下没什么优势，一般来说直接用npt系综跑就行了，特殊情况大多是和边界有关。比如无限长的碳纳米管，在周期性盒子之间是有化学键相连的，这个时候通常我们不希望盒子的大小（尤其是有化学键的方向）变化，一般就是先在np(z)t系综下面把压力跑合理，再在nvt系综下进行平衡模拟

whtu · 发表于 Post on 2016-5-11 08:30:03

ruanyang 发表于 2016-5-10 12:36
简单点说就是在NPT系综下进行体系的平衡，在NVT系综下进行数据收集和分析。有些情况下，是先进行能量最 ...

好的，谢谢你的回答

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