Sobtop创建无机刚性体系top文件之前优化/频率分析环境问题

wangyueda · 发表于 Post on 2022-9-24 10:35:32

有个小问题请教下卢老师，参照Sobtop主页例1“产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件：力常数全基于Hessian计算得到”来创建无机刚性体系top文件，前一步利用Gaussian进行结构优化+频率计算时，是不是直接在气相条件下优化即可（即使用气相条件下优化好的结构作为mol2文件，以及fchk文件提供Hessian矩阵），还是说在溶剂环境下优化（使用后续得到的mol2,fchk）? 个人感觉应该在在气相条件下优化。因为在实际做的过程中我发现在溶剂环境下优化得到的结构跟气相条件下优化好的结构还是略微有点差别，不知道会不会破坏体系原有的高对称性，从而使得后续DRIH方法给出不合理的力常数。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-25 00:52:45

对于大多数体系，是否考虑隐式溶剂模型无所谓，考虑了至少没坏处，也省得别人挑刺。
用不用隐式溶剂模型跟是否能维持对称性没直接关系。

wangyueda · 发表于 Post on 2022-9-25 10:16:16

sobereva 发表于 2022-9-25 00:52
对于大多数体系，是否考虑隐式溶剂模型无所谓，考虑了至少没坏处，也省得别人挑刺。
用不用隐式溶剂模型跟 ...

好的谢谢老师

bobosiji · 发表于 Post on 2022-9-25 15:49:23

sobereva 发表于 2022-9-25 00:52
对于大多数体系，是否考虑隐式溶剂模型无所谓，考虑了至少没坏处，也省得别人挑刺。
用不用隐式溶剂模型跟 ...

楼主问的sf6应该是气体。如果模拟的是气态，就不要用溶剂模型做力场了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-26 05:36:20

bobosiji 发表于 2022-9-25 15:49
楼主问的sf6应该是气体。如果模拟的是气态，就不要用溶剂模型做力场了吧？

模拟气态显然不需要

这和分子在标况下是气态还是液态没关系，关键看实际模拟的时候模拟什么状态，诸如可以模拟气体分子溶在液体中的状态。

wangyueda · 发表于 Post on 2022-9-26 23:19:14

sobereva 发表于 2022-9-26 05:36
模拟气态显然不需要

这和分子在标况下是气态还是液态没关系，关键看实际模拟的时候模拟什么状态，诸如 ...

好的，谢谢卢老师，我的体系都是液态，因此我前一步利用Gaussian做opt freq的时候都加上了隐式溶剂模型，然后将优化好的结构转为mol2文件，chk转为fchk文件利用Sobtop产生top文件。也建议您在Sobtop主页的例1上也注下，后续gmx模拟体系处于什么状态，前一步利用Gaussian做opt freq的时候就应当在什么状态下去做。省得跟我有相同问题的同学搞不清楚前一步优化是否得加相关的溶剂模型。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 06:09:00

wangyueda 发表于 2022-9-26 23:19
好的，谢谢卢老师，我的体系都是液态，因此我前一步利用Gaussian做opt freq的时候都加上了隐式溶剂模型， ...

整体、局部都不带显著电荷的体系根本不需要opt freq过程中带溶剂模型。诸如SF6就根本不需要带溶剂模型
但老有初学者缺乏化学常识、没有基本判断能力，所以对于这样的人我只能始终推荐从头到尾全都带上，免得万一该带时候不带

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