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[CP2K] 用RDF来判断固体表面原子和溶液液体中分子成键是否可行

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楼主
各位老师好,

      我想请问一下, 在石墨烯表上做表面吸附的AIMD时候,发现吸附分子和表面基本是物理吸附(已经用DFT计算过静态结构了),在轨迹里头也没有观察到成键的行为。这个时候我能用RDF来说明分子中的原子和石墨烯里头碳原子的距离分布来说明问题吗?

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发表于 Post on 2022-9-28 11:02:50 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指判断有没有形成化学键,可以算rdf,如果距离很小的范围没有出现峰,就说明没有化学键的形成
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-28 11:30:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-28 11:02
如果你是指判断有没有形成化学键,可以算rdf,如果距离很小的范围没有出现峰,就说明没有化学键的形成

嗯嗯,好的谢谢社长。还有一个问题就是关于这个距离的判断,我就去对比一些常见的C-N 或者C-O化学键的键长应该就可以了吧?

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发表于 Post on 2022-9-28 15:29:43 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2022-9-28 11:30
嗯嗯,好的谢谢社长。还有一个问题就是关于这个距离的判断,我就去对比一些常见的C-N 或者C-O化学键的键 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-9-30 13:53:38 | 只看该作者 Only view this author
完全可行。论文链接:Liu, J.-C.; Wang, Y.-G.; Li, J. “Toward Rational Design of Oxide-Supported Single Atom Catalysts: Atomic Dispersion of Gold on Ceria”, J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 6190-6199. DOI: 10.1021/jacs.7b01602

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-30 15:20:28 | 只看该作者 Only view this author
Quantum198907 发表于 2022-9-30 13:53
完全可行。论文链接:Liu, J.-C.; Wang, Y.-G.; Li, J. “Toward Rational Design of Oxide-Supported Sing ...

OK  刘博大佬的文章

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