求助autodock vina运行时出现的受体报错

一岫云 · 发表于 Post on 2022-9-28 11:55:17

本帖最后由一岫云于 2022-9-28 12:03 编辑

ubuntu 20.04系统，autodock vina批量对接的过程中，总提示受体选项有错，但是检查了受体格式（ADT生成的pdbqt文件）、路径、命名都正确。
（受体是6lu7_p.pdbqt，配体是10个fda*.pdbqt）

报错：Configuration file parse error: unknown option receptor

热切求教各位。

一岫云 · 发表于 Post on 2022-9-28 12:11:46

补充一下受体pdbqt文件的头尾截图

k64_cc · 发表于 Post on 2022-10-10 11:22:37

本帖最后由 k64_cc 于 2022-10-10 11:28 编辑

等等，你这个是PDB还是PDBQT……可以贴一下输入文件吗？（可以试一下https://hermite.dp.tech/，其中蛋白/配体准备部分是不收费的）

或许你可以试试全用命令行参数，不用config文件，这样多半能跑。

lonewolf659 · 发表于 Post on 2022-10-10 15:17:08

本帖最后由 lonewolf659 于 2022-10-10 16:21 编辑

这个应该是pdbqt格式的问题，AutoDock Vina不识别receptor的pdbqt。
用ADT另存receptor的pdbqt时，仅保留ATOM信息，其他的CRYSTAL和CONECT信息都不保留（如下图）

一岫云 · 发表于 Post on 2022-10-11 16:00:14

k64_cc 发表于 2022-10-10 11:22
等等，你这个是PDB还是PDBQT……可以贴一下输入文件吗？（可以试一下https://hermite.dp.tech/，其中蛋白/ ...

非常感谢您，我重新生成了pdbqt文件（仅包含ATON信息），然后就OK啦！

一岫云 · 发表于 Post on 2022-10-11 16:00:44

lonewolf659 发表于 2022-10-10 15:17
这个应该是pdbqt格式的问题，AutoDock Vina不识别receptor的pdbqt。
用ADT另存receptor的pdbqt时，仅保留A ...

是的，按照您的意见我进行了修改，就可以了，十分感谢！

duanduanxia · 发表于 Post on 2025-7-1 15:05:13

老师，ADT是什么软件，我最近要做Au(111)与谷胱甘肽进行连接然后与蛋白质进行分子对接，我该怎么建模

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-2 17:07:11

duanduanxia 发表于 2025-7-1 15:05
老师，ADT是什么软件，我最近要做Au(111)与谷胱甘肽进行连接然后与蛋白质进行分子对接，我该怎么建模

ADT 是AutoDockTools 但它不适合用作多肽对接的。

该如何建模应先说清楚目的， ADT/Vina等主要是用作小分子对接，不是多肽，不是金属晶体。

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