求助，用分子动力学模拟做P-P相互作用，非键作用中哪一种是占主导

qingqingdong

MD中，非键能在总能量中是占主导的，那其中非键能中静电能、范德华能又是哪种占主导呢？
另，在讨论力场的势能函数中，非键能就是静电势能和范德华能，那为什么没有体现出氢键，氢键的能量应该怎么来看待呢
在研究结合自由能时主要是看弱相互作用，即静电相互作用、氢键、范德华能，这三种哪一个占主导作用是一定的还是具体蛋白质具体分析呢
问的有点多，不知道有没有讲清楚，请各位前辈老师指点

sobereva

不要用诸如“P-P相互作用”这种非主流缩写。谁知道你想说pi-pi还是protein-protein

“MD中，非键能在总能量中是占主导的”这不是普遍的。诸如你去模拟一些环张力极大的小分子，bonded的能量可以比nonbonded的数量级明显更大
非键作用能哪种成份占主导显然也看具体体系。诸如你模拟两片石墨烯相互作用，显然是色散作用占主导；去模拟水盒子，显然是静电作用占主导。结合化学常识和对势函数的基本理解就能判断。没常识的话，实际算一下便知



别忘了，溶剂效应对结合自由能影响巨大

qingqingdong

sobereva 发表于 2022-9-30 08:12
不要用诸如“P-P相互作用”这种非主流缩写。谁知道你想说pi-pi还是protein-protein

“MD中，非键能在总 ...

好的，感谢