求助有关AIMD前期“热处理”或“热化”的问题

YUX

各位老师好，目前正在学习cp2k和plumed联用的元动力学，但是有些细节还非常模糊，读到了这样的两篇文章，都是对矿物在水溶液中的溶出过程进行研究，我也想模仿他们的思路研究某种矿物在水溶液中的行为。但是目前存在一些疑问，请各位老师指教。

1）在读他们文章的时候发现他们都提到在开始模拟之前需要对系统进行“热化”，但是没提到具体的条件以及达到怎样的标准即可视为热化结束，想请教一下各位老师，这个“热化”是否存在约定俗成的条件，以及达到怎样的标准即可视为热化结束，可以正式进行接下来的模拟呢？

2）我在矿物盒子里放入水分子后，由于总是存在部分原子间距过近的问题，导致结构优化非常困难，所以我在Z方向上将盒子稍微扩大，一些手动调整了部分水分子的位置后，结构优化成功了。接下来我想对这个盒子在1bar下进行NPT模拟，希望格子能自行压缩到合适的大小，不知此做法是否合理或能够较容易的达到我的目的？这里在cp2k中的关键词选的是NPT_F。

3)这两个工作中的二维自由能变化图都画得非常漂亮，请问什么软件能绘制出这种效果呢？

麻烦各位老师指点~

sobereva

1 所谓的热化就是在热浴下模拟一定时间，令体系在某个温度下达到平衡。作者假定2.5或5ps可以达到平衡，更严格来说应当检验密度、势能等量的变化，参看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）


2 合理


3 sigmaplot、matplotlib等，就是个普通的二维填色图，恰当设置色彩刻度就完了

YUX

sobereva 发表于 2022-10-15 19:30
1 所谓的热化就是在热浴下模拟一定时间，令体系在某个温度下达到平衡。作者假定2.5或5ps可以达到平衡，更严 ...

好的，非常感谢sob老师的解答！