求助：在显性溶剂下跑MD，如何导入库里面没有的溶剂，这两种情况应该怎么考虑

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-11-29 18:56
老师，是这样的。我按照您说的这个方法生成的溶剂溶质盒子，溶剂是整齐排列的在溶质周围，如图1所示，而 ...

这个sol应该用类似TIP3PBOX的已经平衡的溶剂体系，而不是单个溶剂分子，用平衡过的溶剂体不应该出现过于致密的情况

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 08:54
这个sol应该用类似TIP3PBOX的已经平衡的溶剂体系，而不是单个溶剂分子，用平衡过的溶剂体不应该出现过于 ...

老师，我也去尝试了用平衡好的溶剂盒子作为sol，导入sol.pdb、sol.lib还有底物的pdb和lib文件。最终是可以形成溶剂溶质盒子的TSb2_solv.pdb文件，但是不知道为什么合成后的pdb文件因为溶剂分子的单元出错了无法生成top文件和crd文件。试了好久也不知道是哪里出现问题了，不知道该怎么改
Writing pdb file: TSb2_solv.pdb
   printing CRYST1 record to PDB file with box info
Checking Unit.
FATAL:  Atom .R<MOL 3>.A<Cl2 5> does not have a type.
......
/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Fatal Error!
Failed to generate parameters

Frozen-Penguin

lib文件不能用相同的残基名，暂时想不到其他可能的问题，单独能模拟说明lib没问题，应该只是有些地方冲突了

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 13:57
lib文件不能用相同的残基名，暂时想不到其他可能的问题，单独能模拟说明lib没问题，应该只是有些地方冲突了

好的老师，非常感谢老师耐心地指导！

monte

我之前用gromacs做MD，溶剂也是二氯甲烷（DCM），力场是Amber14SB+gaff，然后每次溶剂都会裂开，体积变得巨大，溶剂分子之间间隙变得很大，后来换了oplsaa力场就没事了，以我的经验看是力场的原因，虽然我也不知道是为什么。DCM的电荷我都是用gaussian+Multifwn算的，键长键角都是几乎一样，可以说没有差别，但是Amber力场就是算不了