计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2005|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 用molculs 调用Gaussian16 输入文件无效

[复制链接 Copy URL]

127

帖子

0

威望

340

eV
积分
467

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 GHL 于 2022-10-26 15:15 编辑

因为暂时无法下载ORCA(未接触),在Linux系统想采用molclus直接调用高斯16进行优化,后期打算再次用高斯计算单点能,进行构象排序(不知道可行性)
输入命令在molclus文件夹终端调用Gaussian16 ,请各位大佬指点迷津。附上molclus设置文件,out文件,和template.gjf文件。

输入文件如下
#B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq int=fine

Template file

1 1
[GEOMETRY]

显示错误信息无法优化:
Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
Generating gau.gjf...
Running Gaussian: "/home/ghl/g16" < gau.gjf > gau.out
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file
Press ENTER button to exit program




out.txt

1.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

settings.ini

3.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

template.gjf

97 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6

gau.gjf

3.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125262

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-10-26 15:10:59 | 只看该作者 Only view this author
上传中途产生的gau.gjf和gau.out
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

127

帖子

0

威望

340

eV
积分
467

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 15:15:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-26 15:10
上传中途产生的gau.gjf和gau.out

gjf文件已上传,out文件空白,无法上传

127

帖子

0

威望

340

eV
积分
467

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 15:21:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 GHL 于 2022-10-26 15:22 编辑
sobereva 发表于 2022-10-26 15:10
上传中途产生的gau.gjf和gau.out

请问大佬,可以不可以用molclus调用Gaussian优化后,再调用其进行单点能的计算。应该怎样设置?ORAC现在下载不了,且构象搜索完毕后,仍须用Gaussian 进行单点能的计算

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125262

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-10-27 04:50:13 | 只看该作者 Only view this author
GHL 发表于 2022-10-26 15:21
请问大佬,可以不可以用molclus调用Gaussian优化后,再调用其进行单点能的计算。应该怎样设置?ORAC现在 ...

那叫ORCA

当然可以molclus调用Gaussian算单点。帖子里一堆例子都是这么做的
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
实际中往往调用的是ORCA算单点是因为速度更快、支持更多更先进的方法。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125262

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-10-27 04:51:10 | 只看该作者 Only view this author
GHL 发表于 2022-10-26 15:15
gjf文件已上传,out文件空白,无法上传

不可能是完全空白的

运行Gaussian的命令在molclus输出信息里已经明确提示了,先确保机子里Gaussian能正常运行再说molclus调用的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

127

帖子

0

威望

340

eV
积分
467

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 14:54:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-27 04:50
那叫ORCA

当然可以molclus调用Gaussian算单点。帖子里一堆例子都是这么做的

好的,大佬,谢谢您指导

127

帖子

0

威望

340

eV
积分
467

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 14:58:10 | 只看该作者 Only view this author
GHL 发表于 2022-10-27 14:54
好的,大佬,谢谢您指导

我的是在CentOS 虚拟机中的linux系统目录下直接解压的molculs, 在其终端输入信息错误,但结果确实显示out文件,但是打开为空白页,且无法上传到网页

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125262

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-10-28 06:23:55 | 只看该作者 Only view this author
GHL 发表于 2022-10-27 14:58
我的是在CentOS 虚拟机中的linux系统目录下直接解压的molculs, 在其终端输入信息错误,但结果确实显示out ...

“在其终端输入信息错误”语义不明
前面说了,先搞清楚自己怎么手动运行Gaussian,自然就能搞明白为什么molclus按照屏幕提示的命令行能调用或者不能调用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-1 03:33 , Processed in 0.174037 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list