配置讨论组里配GPU服务器请教下配置

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-10-30 19:39:53

最近组里在购置服务器，让我先做一下GPU服务器的配置，实际预算六万，但是导师说报销流程比较麻烦，指定了服务器供应商，供应商说我可以发给他们购买连接，然后他们给我们办好相关采购手续，不影响报销，实际这个GPU服务器的预算是四万五千不到四万六，主要跑GROMACS.明明都矿难了，但是我看最近显卡又被黄牛炒起来了，4090京东居然都一万五六了，3090ti也涨价了，希望热心人能提供些配置建议，十分感谢！

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-30 20:13:06

2台RTX4090+13900K

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-10-30 21:06:15

Entropy.S.I 发表于 2022-10-30 20:13
2台RTX4090+13900K

感谢热心人回复，我看着论坛里不推荐大小核呀，说是调度还是有些问题

另，社长推荐的7R32能带满显卡吗

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-30 22:37:47

不想飞的猫头鹰发表于 2022-10-30 21:06
感谢热心人回复，我看着论坛里不推荐大小核呀，说是调度还是有些问题
另，社长推荐的7R32能带满显卡 ...

今天刚测完，13900K可以用，比7950X强。这次增大E-Core缓存、优化核间延迟后E-Core有用了

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-10-30 23:12:27

Entropy.S.I 发表于 2022-10-30 22:37
今天刚测完，13900K可以用，比7950X强。这次增大E-Core缓存、优化核间延迟后E-Core有用了

好的，感谢您提供的参考意见，顺便想问下，13900K在centos7.9系统调度也没问题吗，如果可以的话就放心了

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-10-30 23:16:37

Entropy.S.I 发表于 2022-10-30 22:37
今天刚测完，13900K可以用，比7950X强。这次增大E-Core缓存、优化核间延迟后E-Core有用了

之前看过您的benchmark帖子和社长帖子的回复，由衷佩服呀，听说win11是专门为大小核架构优化的，在centos上13代酷睿的表现怎么样呢

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-31 01:57:40

不想飞的猫头鹰发表于 2022-10-30 23:12
好的，感谢您提供的参考意见，顺便想问下，13900K在centos7.9系统调度也没问题吗，如果可以的话就放心了 ...

用线程绑定就不存在系统层的调度问题

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-10-31 09:13:37

Entropy.S.I 发表于 2022-10-31 01:57
用线程绑定就不存在系统层的调度问题

好的，谢啦，那我就放心啦，因为之前用的机器是导师18年买的，我那时还没入学，配置是双E5 2678V3配双2080super，内存128g reg ecc ddr3 1600mhz，centos7.6，gromacs是2018.4版本，gcc 4.8.5，cuda10.2.89，驱动440.64.00，我一般跑md任务的提交命令是gmx mdrun -deffnm xx -ntmpi 1 -ntomp 10 -gpu_id xx -v,但是如果加上-pin on，在同时提交多个md任务的时候会出现并行效率下降、显卡占用降低的问题，我对照着那篇GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路（http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-4.html）的命令时发现2018.4版本有些指定nb、pme的命令是不支持的，我也怕把机器搞崩了就没敢自己装新版的gmx，看来这次放心啦。这次买新机器装2021.6版本的您认为如何，gcc和cuda和驱动版本有什么需要注意的吗

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-31 10:03:55

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-10-31 10:06 编辑

不想飞的猫头鹰发表于 2022-10-31 09:13
好的，谢啦，那我就放心啦，因为之前用的机器是导师18年买的，我那时还没入学，配置是双E5 2678V3配双208 ...

目前跑生产模拟优先推荐2021.6，因为修复了GPU update相关的Bug。用最新CUDA Tookit和最新英伟达GPU驱动，系统用RockyLinux 9、Ubuntu 22.04LTS都可以。不怕折腾可以用ArchLinux，新硬件的优化和适配最快。GCC/G++编译器用系统原配的就行了。
另外，E5 2678v3用的是DDR4内存，你应该看错了

子不语i · 发表于 Post on 2022-10-31 17:48:16

Entropy.S.I 发表于 2022-10-31 10:03
目前跑生产模拟优先推荐2021.6，因为修复了GPU update相关的Bug。用最新CUDA Tookit和最新英伟达GPU驱动 ...

想请问老师用GROMACS2021.6版本的话，系统用Ubuntu 20.04 LTS可以吗

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-31 18:02:45

子不语i 发表于 2022-10-31 17:48
想请问老师用GROMACS2021.6版本的话，系统用Ubuntu 20.04 LTS可以吗

没问题

子不语i · 发表于 Post on 2022-11-1 15:11:48

Entropy.S.I 发表于 2022-10-31 18:02
没问题

好的，谢谢您

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2022-11-1 16:10:45

Entropy.S.I 发表于 2022-10-31 10:03
目前跑生产模拟优先推荐2021.6，因为修复了GPU update相关的Bug。用最新CUDA Tookit和最新英伟达GPU驱动 ...

好的，谢谢您

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