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[GROMACS] 如何用gromacs计算油水界面中吸附的表活剂的面积

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本帖最后由 Jus 于 2022-11-1 19:42 编辑

平衡后表活剂夹在油水界面之间,想要计算吸附在油水界面间的表活剂的面积,应该如何操作,谢谢各位大佬的指导

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发表于 Post on 2022-11-1 05:34:56 | 只看该作者 Only view this author
贴个当前模拟得到的结构图,标清楚图里各个部分,这样才好回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 14:44:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-1 05:34
贴个当前模拟得到的结构图,标清楚图里各个部分,这样才好回答

sob老师好,我上传了图片,这是一个油-表-水-表-油的平衡体系,表活剂的亲油基和亲水基已经分别与油、水界面吸附了,我想算油水界面间表活剂的面积,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-11-2 08:18:22 | 只看该作者 Only view this author
如果是指表面活性剂占的截面的面积,我看你截图里表面活性剂已经铺满一层了,就等同于盒子截面面积了,用盒子两个方向尺寸相乘就得到了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 16:42:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-2 08:18
如果是指表面活性剂占的截面的面积,我看你截图里表面活性剂已经铺满一层了,就等同于盒子截面面积了,用盒 ...

sob老师好,我是想考察表活剂的吸附性,该表活剂一头有亲油基、另一头有亲水基,想看看它吸附后表活剂亲水的表面积和亲油的表面积各是多少,如果用gmx sasa计算的话我输入的命令该是什么样的呢。谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2022-12-6 08:09:51 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2022-12-5 16:42
sob老师好,我是想考察表活剂的吸附性,该表活剂一头有亲油基、另一头有亲水基,想看看它吸附后表活剂亲 ...

结合实际情况举一反三


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 17:33:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-6 08:09
结合实际情况举一反三

好的,谢谢sob老师

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