动力学模拟数据分析基本完成之后,会经验性得选择保存哪些原始文件呢？

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2022-11-2 11:04:34

因为是第一次完整地完成了动力学模拟，目前做了四组蛋白质-小分子的模拟体系，有很多md.trr,md-fit.xtc文件占用很大内存,每个文件都至少有30.50个G，也有去溶剂后的xtc文件300M左右。目前有超算账号的内存以及自己电脑和移动硬盘都不够了。不能一直把所有文件都留存，继续分析下一个体系时就会报错没有内存了，但又担心之后整理数据时需要。
求助各位，有没有一些经验性的推荐，我应该保存哪些原始文件比较有价值呢？

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-11-2 15:25:03

你写入trr的频率太高了，如果每ns写入的话，100ns的trr也就1个G左右；
比较有用的，我觉得是gro，处理好的xtc，tpr也可以保存下，其他的基本上没有什么用

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2022-11-2 15:49:33

CruiseBend 发表于 2022-11-2 15:25
你写入trr的频率太高了，如果每ns写入的话，100ns的trr也就1个G左右；
比较有用的，我觉得是gro，处理好的 ...

感谢！还想问一下trr写入频率是指mdp中的output的参数吗？还是命令语句中gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr -r cg.gro加-dt 10000 这样呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-3 10:14:00

Nancylee0416 发表于 2022-11-2 15:49
感谢！还想问一下trr写入频率是指mdp中的output的参数吗？还是命令语句中gmx grompp -f md.mdp -c npt.gr ...

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2022-11-3 12:17:25

sobereva 发表于 2022-11-3 10:14

明白了谢谢社长！
还想请问看您截图中nstxout-compressed可输出xtc文件，trr是双精度 xtc是单精度，如果内存有限，我是否可以直接输出md.xtc文件之后进行nojump和rot+trans的处理吗？还是会不准确，最好生成trr文件呢？
trr写入频率降低一下，整个模拟运行所需时长也会缩短吧？目前我已有的每2ps输出的md.trr可以通过命令改为每1ns输出的新md.trr文件吗？还是需要重新运行md？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-4 07:52:57

Nancylee0416 发表于 2022-11-3 12:17
明白了谢谢社长！
还想请问看您截图中nstxout-compressed可输出xtc文件，trr是双精度 xtc是单精度，如 ...

“trr是双精度”大错特错
仅当你用双精度gromacs，trr里才会用双精度方式记录
分清楚内存和硬盘

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[GROMACS] 动力学模拟数据分析基本完成之后,会经验性得选择保存哪些原始文件呢？

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