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[GROMACS] 求助:水-辛酸两相体系计算LINCS报错

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本帖最后由 xjtu_zk 于 2022-11-3 16:20 编辑

各位前辈,体系如图,中间是4*4*11nm的辛酸盒子,两边是4*4*20的水盒子:
mdrun过程中,加上-ntmpi 1 -ntomp 64 会计算中止,出现以下界面:

不加-ntmpi 1 -ntomp 64,会出现以下报错:

问题出现的很奇怪,之前计算4*4*11nm的辛酸盒子,两边是4*4*10的水盒子,就可以正常计算,同一台机器,同一个软件版本。


附上输入文件,希望得到解答,谢谢!
input.zip (1.35 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2022-11-4 08:26:13 | 只看该作者 Only view this author
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

在先确保拓扑文件合理的前提下,减小步长、加大初始结构中分子间距等等,都是上文提过的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-4 09:36:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-4 08:26
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

在先确保拓扑文件合理的前提下,减小步长、加大初始结构中 ...

好的 谢谢社长

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