求助：绘制分子rdf分布时出线g（r）异常偏高

holywind · 发表于 Post on 2022-11-10 13:18:22

在使用gmx rdf命令绘制rdf图时候，图像出现了在0nm左右的异常偏高，请问这种情况可能出现的原因是什么？我的体系是A-D-A型有机分子，所进行的是A-D stacking的rdf分析计算，将A部分和D部分分别定义为了一个残基，利用的是弛豫过后最后0.5ns的数据进行计算。
所使用命令为gmx rdf -f relax.trr -srdf.tpr -seltype res_com -b 9500 -e 10000 -o rdf-AD.xvg
对弛豫过后的键参数进行了分析，结果和理论几乎一致；也对划分残基的itp文件进行了检查，也并未出现残基选择错误。
初次接触gromacs，希望能得到解答。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-10 15:11:21

可能是组的选择有问题，比如计算了原子自己和自己的rdf，自然在0nm就会巨高

holywind · 发表于 Post on 2022-11-10 16:06:24

本帖最后由 holywind 于 2022-11-10 16:10 编辑

sobereva 发表于 2022-11-10 15:11
可能是组的选择有问题，比如计算了原子自己和自己的rdf，自然在0nm就会巨高

谢谢老师您的解答，不过我并没有找到组选择的问题所在；我这里是两个A定义为了APT残基，中心D部分为DPT残基，其余侧链未修改（如下图1），在输入gmx rdf 命令后的输入如下图2所示，我使用同样的操作一共计算了四个ITIC系列分子，其中两个分子能够正常的输入rdf图（如图3）

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