在模拟超临界CO2这方面gmx不适用吗

学习者123

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

你好，请问你用gromacs模拟超临界CO2用TraPPE-small和EPM2力场最终和文献数据近似吗？我算的差了很多，不知道是哪一步参数出现了问题

杨星元

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

您好，我在lammps里面使用：
molecule co2mol CO2.txt
group CO2 type 1 2
fix myrigid CO2 rigid/small molecule mol co2mol
fix_modify myrigid dynamic/dof yes
进行计算，会出现fix rigid:Bad principle moment报错，或者计算卡住进行不下去，请问这个您知道是为什么吗

ilovelr

杨星元 发表于 2025-1-22 21:07
您好，我在lammps里面使用：
molecule co2mol CO2.txt
group CO2 type 1 2

我的经验：1.不要minimization;2.产生初始结构时的原子间距大一些;3.刚开始用比较小的timestep（0.1~0.5）先跑一下

ilovelr

学习者123 发表于 2024-12-10 18:14
你好，请问你用gromacs模拟超临界CO2用TraPPE-small和EPM2力场最终和文献数据近似吗？我算的差了很多，不 ...

TraPPE-small基本一致，EPM2不太行

杨星元

ilovelr 发表于 2024-1-1 21:43
一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用 ...

您好，请问lammps中使用fix rigid/small有什么要求吗？我一用这个命令，计算机就不算了，也不报错

杨星元

ilovelr 发表于 2024-1-1 00:41
与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigi ...

请问lammps中fix rigid/small使用有什么限制吗，为啥我在lammps中对二氧化碳用这条命令，计算机就不算了，但是不报错，就一直卡在计算界面

ilovelr

杨星元 发表于 2025-3-5 21:08
请问lammps中fix rigid/small使用有什么限制吗，为啥我在lammps中对二氧化碳用这条命令，计算机就不算了 ...

有可能是初始结构不合理，按照lammps手册GCMC例子里的CO2写命令，去掉MC的命令，跑MD是没问题的

thor

喵星大佬 发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

所以这个模拟的密度差异是之前sob提供的EPM2使用键角约束造成的吗。使用你提供的TraPPE参数没问题

喵星大佬

thor 发表于 2025-4-29 09:49
所以这个模拟的密度差异是之前sob提供的EPM2使用键角约束造成的吗。使用你提供的TraPPE参数没问题

这两套参数也没啥关系，EPM2我也没用过，我只是对着文章把参数做了而已

thor

喵星大佬 发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

epm2模型的CO2还是比较奇怪，以sob提供的这个itp为例，也不刚体吧？计算的CO2密度还是差距很大

喵星大佬

thor 发表于 2025-4-30 11:27
epm2模型的CO2还是比较奇怪，以sob提供的这个itp为例，也不刚体吧？计算的CO2密度还是差距很大

那你照着类似的方法把EPM2改成刚体试一下呗

raku

试过9楼大佬的Trappe FF 没有任何问题