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本帖最后由 九尾肥狐狸 于 2016-5-26 16:25 编辑


老师您好,我想用MOPAC对大体系做初步优化来选取一些最优构型,然后用DFT方法作进一步优化。先用gview搭建结构,再将.gjf文件用高斯转换成MOPAC文件。做完优化之后,我需要优化好的结构和能量,MOPAC程序输出的.out文件不能直接用gview观看。我把.out文件中位于能量后面、特征向量前面的笛卡尔坐标用文本文件编辑,去掉编号加上高斯文件的开头部分,改成.gjf文件就能用givew看结构了。这个结构是优化好的构型吗?

我的.inp文件对吗? FINAL HEAT OF FORMATION 这个是生成焓,TOTAL ENERGY和 ELECTRONIC ENERGY分别代表的是什么呢?

谢谢老师,辛苦了。


TRY1.INP

3.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 38

转化后的MOPAC输入文件

try.gjf

9.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

高斯初始结构

TRY1.INP.bak.out

76.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 17

MOPAC输出文件

opted.gjf

3.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

MOPAC调取结构

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发表于 Post on 2016-5-26 16:39:47 | 只看该作者 Only view this author
你要看优化轨迹或最终结构,强烈推荐用mopac2xyz+VMD实现,见
将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具
http://sobereva.com/212
把优化输出文件用mopac2xyz转换成.xyz轨迹,拖到VMD里,就能看优化轨迹动画,最后一帧就是最终结构,然后可以保存结构

TOTAL ENERGY和 ELECTRONIC ENERGY不用管,官方都说这没什么确切意义。
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