GMX输出pdb文件构象变形

liduo · 发表于 Post on 2022-11-11 11:08:43

本帖最后由 liduo 于 2022-11-11 11:10 编辑

求助各位老师： GMX输出pdb文件构象变形什么原因造成的怎么使用gmx输出正确构象的pdb文件？
gmx2022.2模拟蛋白在303K 30ns（steps=15000000）的运动，使用gmx trjconv -f npt-nopr.trr -s npt-nopr.tpr -o K.pdb -sep -dt 150命令每隔150ps输出一个pdb构象。输出部分构象出现了变化：
1-12，17-122正常
13-16构象N端被拉长
123-200构象N端C端都逐渐开始被拉长直到解离
但使用VMD观察输出的xtc文件每一帧的轨迹正常

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-11 11:38:56

用-pbc mol，保持蛋白质的链的完整性，避免一部分因为PBC记录方式挪到盒子另一头

liduo · 发表于 Post on 2022-11-11 12:38:19

谢谢老师

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[GROMACS] GMX输出pdb文件构象变形