计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2270|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:蛋白为金属依赖蛋白,做小分子与蛋白动力学模拟的时候可以去掉金属离子吗?

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

347

eV
积分
358

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
  我的蛋白是依赖金属离子存在发挥功能的蛋白,做了虚拟筛选筛选到几种潜在抑制剂。通过分析发现这几种抑制剂不和金属离子存在作用,这时候在进行分子动力学进行配体与蛋白进行模拟的时候可以去点金属离子吗?如果可以投稿的时候会存在问题么,应该怎么解释?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-11-16 19:59:21 | 只看该作者 Only view this author
“去点金属离子”指什么?如果是去掉,没有说得通的理由就不能去掉。金属离子在不在可能明显影响蛋白质构象,进而间接影响你研究的问题。除非你能论证那些金属离子和你研究的问题确实一点影响也没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

347

eV
积分
358

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 10:33:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-16 19:59
“去点金属离子”指什么?如果是去掉,没有说得通的理由就不能去掉。金属离子在不在可能明显影响蛋白质构象 ...

谢谢老师回复。是“去掉”打错了。还有一个问题想请教老师。
如果不去掉的话,使用gromacs的charmm36力场对蛋白进行拓扑文件生成的时候会报错。我看到论坛中帖子说使用Ambertools的MCPB.py对蛋白进行处理,会默认使用ff14SB力场。这是否意味这如果要进行含有金属的蛋白模拟只能使用Amber力场,如果想使用charmm力场使用MCPB.py脚本可以么?如果不行的话有其他的方法么?
期待老师的回复。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-11-17 17:10:47 | 只看该作者 Only view this author
yy_ds_yyds 发表于 2022-11-17 10:33
谢谢老师回复。是“去掉”打错了。还有一个问题想请教老师。
如果不去掉的话,使用gromacs的charmm36力 ...

显然看你怎么搞金属蛋白的跟配位键有关的参数,MCPB.py又不是唯一选择
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 18:13 , Processed in 0.151736 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list