关于计算PMF及扩散系数过程中的几个问题请教

熊小熊

     非常感谢您，浏览我的问题，主要问题如下：
     我做的体系为小分子过膜，在模拟过程使用的是牵引过膜的方式模拟过膜过程，在研究过程主要有以下几个问题；
   （1）扩散系数的计算：我的疑问在于在过膜过程中，我使用的人为的拉动，以计算均方位移的方式计算扩散系数可以吗？，我的疑惑在于，这种拉动扩散是人为控制下的与实际扩散应该存在差距，所以均方位移的计算方式是不是不太合理。
   （2）在数据处理过程种，PMF曲线计算出来的一般是距离的函数，我怎样转化成时间的函数呢? 即数据处理时间函数与位移函数的对应关系。
    谢谢您的解惑!