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[GROMACS] 求助:做分子模拟时盒子体积增大

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各位老师好!在做分子模拟时盒子越来越大,体积增加了好几倍,模拟的是萤石和水分子的吸附,目前有几个问题想要请教一下。1.mdp文件中墙的设置不知道合不合适这个体系?
2.盒子增大的原因是什么?能不能控制盒子体积?
感谢老师指导

npt1.gro

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输出

solv.gro

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输入

npt.mdp

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发表于 Post on 2022-11-19 17:14:05 | 只看该作者 Only view this author
巧了,我的跑完会缩小,没添加溶剂,盒子大小10nm,跑完打开gro一看,变5.6了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 17:28:55 | 只看该作者 Only view this author
YaM 发表于 2022-11-19 17:14
巧了,我的跑完会缩小,没添加溶剂,盒子大小10nm,跑完打开gro一看,变5.6了

我的盒子直接从2变为10了,水分子也跑的到处都是,根本看不出结果

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发表于 Post on 2022-11-19 23:12:42 | 只看该作者 Only view this author
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-21 09:06:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-19 23:12
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

好的 谢谢老师指导 我再去修改一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-21 19:26:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-19 23:12
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

sob老师好,我在模拟时出现了一个问题,在模拟固体表面水分子运动时,我在z方向上加上了墙,可是有两个水分子跑到了两端,这是什么情况导致的?墙的具体机理是什么?可以解答一下吗 谢谢老师了

43XJPHNV8]AFQ$2EA4F`OGP.png (31.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

两端出现水分子

两端出现水分子

nvt.mdp

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