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[GROMACS] 求教 gmx densorder命令使用的问题

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Level 5 (御坂)

我在研究粗粒化磷脂膜体系,包含DPPC DPPE DPPS 三种磷脂分子,最近看到gromacs程序文档上有个命令是gmx densorder,说是能计算表面涨落的,但是不清楚给出的相应选项输出的是什么,也不知道这个命令该如何使用。我尝试着用gmx densorder -f md.xtc -n index.ndx -s md.tpr -o进行输出,输出的dat文件用记事本打开发现是乱码,而-og 和-or都会让我选择索引文件中的一个组,比如我选择了DPPS组,但是却会报错No or not correct number (2) of output-files: 1和No or not correct number (2) of output-files: -1  。感谢热心网友答疑解惑!

gmx densorder命令选项.png (131.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

gmx densorder命令选项.png

gmx程序文档给出的计算原理.png (81.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

gmx程序文档给出的计算原理.png

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2#
发表于 Post on 2023-6-26 16:53:57 | 只看该作者 Only view this author
我在运用这个命令时也遇到了这个问题,请问楼主解决了吗?

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