公社群聊Q&A整理：2016.05.21 02 ~ 2016.05.25 01 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-28 19:32:31

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.05.21 01:18:44
Q:
请问老师要分析离子对水中氢键的影响时电子结构应该分析形变电荷密度还是差分电荷密度？另外态密度可以分析氢键强弱变化吗？谢谢
A:
“差分电荷密度”要叫电子密度差或者简称密度差，见
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
考察密度差，不用管变形密度
态密度对此无用
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2016.05.21 01:20:55
Q:
如何从Multiwfn软件中保存图谱的数据，自己Origin作图啊
A:
后处理菜单有导出的选项，仔细看一遍，导出完了往origin里一拖
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2016.05.21 01:25:57
Q:
老师，您在培训时讲到旋轨耦合时第248页最后一张PPT中提到“对于越重的元素，旋轨耦合越重要，特别是很重的p元素。”这里很重的p元素是什么意思？是指高周期的p区元素吗？@Sobereva
A:
peace 就是除了碱金属和碱土金属的主族
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2016.05.21 01:26:31
Q:
用AdNDP穷举多中心键的时候，如果最后/13其中某个原子的剩余价电子为-0.0642，这样分析合理么
用AdNDP穷举多中心轨道的时候，如果最后/13其中某个原子的剩余价电子为-0.0642，那么这样的分析合理么？
A:
没事
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2016.05.21 01:37:10
Q:
优化开窍层单重态的过渡态，直接调波函数，结合scf=qc，算出来的，和TDDFT算出来的，差别较大，是不是TDDFT得更可信一些？
A:
开壳层单重态本来就不适合TDDFT。参看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.05.21 01:50:01
Q:
请问在算化学势时，“Both quantities are obtained from one-electron energies of the frontier molecular orbital HOMO and LUMO, eH and eL, as m ≈ (eH + eL)/2 and h ≈ (eH − eL), respectively.”这里面的one-electron energies of HOMO and LUMO指的是什么？HOMO和LUMO的单电子能量怎么得到？1、直接用双占据的HOMO和LUMO轨道能量？2、拿走一个电子再算单点重新得到的单占据的HOMO和LUMO轨道能量？还是3、直接得到双占据的HMOMOLUMO的能量除于2？谢谢啦
A:
就是计算直接得到的HOMO、LUMO能量，不用管占据数
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2016.05.21 02:39:39
Q:
那开壳层单重态的激发态用什么方法处理合适？
A:
CASSCF或多参考方法如CASPT2最为可靠
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2016.05.21 02:41:09
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
高斯柔性扫描..
A:
看具体报错提示
垃圾关键词太多
Q:
不指望全部收敛..每次只优化15步..但是扫了一个点酒停了
错误就是link9999
就是扫描第一个点，优化15步之后就结束了，不继续下去..D01版本..以前用C01没这个问题..
垃圾关键词就特征值测试,其他的还是有必要的，步长特意调小，nosymm也是垃圾关键词吧
A:
noeigentest此时没意义
maxcycle=15偏小
用maxstep而不用notrust起不到效果
scf默认就是128
ultrafine对于BP86通常没必要
Q:
不用收敛也应该进入第二点扫描啊
因为我感觉一般15步的优化，能量应该降下来了..所以没打再加cycle
A:
从后往前一看输出文件就知道了，别管link几出错
Q:
分子太大了，势能面平缓，用ultrafine应该有帮助吧..
看来第一个点必需优化收敛才行？
A:
都已经loose了，也没必要ultrafine了，通常只有meta-泛函有必要提升格点
Q:
我之前扫描的一些，每次maxcycle只设置了5到10..一般10步左右，能量就比较低了
那就是第一个点必需收敛，往后的第二点，第三点，不用收敛也能进行下去..应该是这样吧.
势能面扫描本身就是粗糙的
如果每个点都收敛，这个时能曲线就太粗糙了..不平滑
不是这样..
[图片]
A:
你把收敛限放得特别宽，每一步你总能收敛，但这样得到的扫描曲线可能很不平滑
Q:
这个就是每个点优化10得到的
优化10步
A:
柔性扫描，不是以每一个点优化多少步为目标，而是要达到收敛限为目标
Q:
还是tddft，以前没遇到任务停了的问题..
分子大了，势能面复杂..每次都收敛，这个难度太大了..
特别是反应过程中..
半柔性扫描感觉总比刚性的要强一些..
柔性收敛，小分子容易，大分子太难了...
原则上说在势能面上的每个点都应该能收敛..但是实施不饿了
A:
那你就写个脚本，对每个点都做限制性优化，限制到的值就是扫描的每个点的值，不管收不收敛都读最后一次输出的能量然后汇总
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2016.05.21 03:19:20
Q:
@Sobereva，你好我按照步棸操作出现这样的情况，第一次做请您指点！[图片]
是文件路径问题嘛？我放到同一个文件夹下试过还是出现这种情况
A:
索性直接把文件往里面一拖
就是路径不对
phenol+1.wfn放在multiwfn可执行文件相同目录下，双击启动Multiwfn，这种情况当前输入的路径绝对没错
Q:
我就是这样操作的
A:
绝对100%是你哪搞错了
Q:
嗯
我放在multiwfn文件夹下的
A:
把文件夹截个图一看就清楚了
放哪都一样，路径输对了就完事
Q:
[图片]
A:
启动的时候直接输入phenol+1.wfn能载入不？
Q:
可以
A:
那你下个最新版Multiwfn再试
版本越新bug越少
2.1.1太老了
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2016.05.21 03:29:18
Q:
我请教老师一个问题，我用G09计算UV-vis光谱，B3LYP，M06，PBE0，cam-B3LYP，mpwpw91 iop(3/76=0572004280)都试过，和实验相比，就是在长波，650nm以上，少一个吸收带，其它吸收带的位置还都可以，请问还有什么办法？基态使用6-311G*&LanL2DZ优化的
A:
M062X、wB97XD也试试
Q:
好的，谢谢，基组使用6-311+G*&LanL2DZ，您觉得可以吗？
A:
如果也不是泛函的事，看看是否没考虑其它构象/构型之类的
这个基组没问题
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2016.05.21 06:30:08
Q:
我windous系统跑gaussian，电脑有32G的内存，但我只能用到%mem=1GB，再大就运行不了，请问怎么回事呀
A:
因为你用的是32bit高斯
Q:
那如何用更高内存呢？
linus版本的可以吗？
A:
买64bit windows高斯，要么用网上的64bit linux版
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2016.05.21 06:49:24
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
平均构型本身并没有什么物理意义
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2016.05.21 08:00:49
Q:
老师，您好，我想问在KisThelP中的ΔE 包含ZPE吗？
A:
截图，指明哪个位置出现的
Q:
[图片] 截图下面的ΔE
A:
电子能量
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2016.05.21 08:09:08
Q:
老师，您好，我想问另外一个问题，我在linux下运行gv的时候，出现[图片]，这是哪里出了问题？
A:
检查gview所在目录有无可读写权限
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2016.05.21 17:31:50
Q:
老师您好，我想问一下我在做轨道分析的时候为什么NBO的轨道分析结果和不使用NBO的轨道分析结果有很大的不同，这是为什么哪一个更合适呢@娃娃-首席卖萌官
就是不加nbo关键词
正则分子轨道我算的是金属钍的化合物用NBO计算的时候发现有很大的f轨道成分但是用正则轨道就没有
A:
你分析某个占据的NBO若发现有很大f成份，那你分析占据的分子轨道，也一定会能发现f基函数对某些占据的MO有较大贡献。Multiwfn里可以把f基函数对某些轨道的总贡献量一次性输出
MO和NBO完全不是一码事，根本没有可比性。分析之前要先想清楚分析的是哪类、那个轨道。另外不要被别人的回复误导
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2016.05.21 18:40:56
Q:
关于CDA计算的例子CO-BH3，如果我只想要计算一下donation 和back-donation 的数据，是不是只看sum 部分的数值就可以了？
附数据截图 [图片]
A:
CDA最有用的是可以分解为MO的贡献。如果你只想看总的就看sum
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2016.05.21 20:48:02
Q:
老师问一下我利用服务器计算过渡态，可是却出现
The electronic state of the initial guess is 2-A.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 and R2 ints in memory in canonical form, NReq=126806875.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 80.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 80.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 80.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 80.
A:
写上#P免得被蒙在鼓里
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2016.05.21 21:10:27
Q:
请问gaussian读取之前计算的构型使用guess=check吗？
两个人回答的不一样
A:
跟guess=check毛关系也没有
这是读波函数当初猜
Q:
那如果我要把上次计算的波函数和构型都读取，就同时写上guess=read和geom=check？
那如果我要把上次计算的波函数和构型都读取，就同时写上guess=check和geom=check
A:
对
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2016.05.21 22:42:11
Q:
请问sob老师，multiwfn能做 energy decomposition analysis吗？
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
看此文第10部分
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2016.05.21 23:10:26
Q:
sob您好，我在用multiwfn计算键级时遇到问题：输出mayer键级时正常，但是输出wiberg键级时闪退，并且发现这种情况只针对一个物种，其他计算都正常
[表情]谢谢老师
A:
文件发给我
通常来说没必要算wiberg键级
Q:
好的老师
A:
用最新的3.3.9(dev)版计算并没问题
[图片]
你计算时用了弥散函数，此时结果虽然能算出来，但结果也没意义
计算Mayer/wiberg键级时绝对不能用弥散函数
Q:
是这样啊，我去掉弥散，下载个新的版本
我其实是想比较键级的变化，变化的趋势不会变的，老师，我用mayer比较是不是也可以
A:
不加弥散时比较mayer键级足矣
如果你wiberg键级是从NBO里面用bndidx产生的倒无所谓，有弥散也没关系，因为NBO会先做OWSO正交化，这个过程会排除掉弥散函数导致的不良影响
Multiwfn输出的wiberg键级是lowdin正交化后产生的，和NBO的bndidx关键词给出的结果是不同的
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2016.05.21 23:20:56
Q:
请问，SCI-hub最新网址是什么？谢谢
A:
看群共享里群规
感觉最近这个问题比SCF不收敛问得都多
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2016.05.21 23:21:45
Q:
请问Dipole Moment between the Ground and Crucial Excited State (au) 这个应该怎么算啊谢谢各位大神
A:
这种说法本身就不确切。两个态之间只能说跃迁偶极矩
Q:
啊这样啊
老师那我应该怎么算呢谢谢您
A:
要么算两个态之间跃迁偶极矩，要么算两个态的偶极矩之差，先弄清楚自己到底想算什么
Q:
我也是看文献中这样写的 [图片] 这应该是垂直激发态与基态之间的偶极矩之差吧老师
A:
y
Q:
那老师我应该怎么做啊谢谢您
A:
算两个态偶极矩求差就完了
Q:
[图片]可是老师我想得到的是这种不同态下的偶极矩差值，基态的也没有这种态对应的偶极矩呀 @Sobereva
A:
怎么可能没有
基态你算个单点末尾就告诉你偶极矩了
激发态计算时写上density末尾输出的就是root指定的态的偶极矩
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2016.05.21 23:31:45
Q:
TZVP基组具体的解释是啥我查不到相关的文献求赐教
A:
原文：J. Chem. Phys., 100, 5829
ahlrichs等人搞的3-zeta带极化的基组
比6-311G**大一丁点
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2016.05.21 23:53:53
Q:
sob老师请问。利用AdNDP分析的时候，对于开壳层体系，会出现ALPHA和Beta，还有混合密度，请问，改如何确定选择哪个？谢谢。有没有相应的例子？
A:
看你研究目的，不想区分自旋就选最后一个，想分着研究考察不同自旋就选相应的
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2016.05.22 00:58:26
Q:
anou 我算个东西，bp86 scf不敛，换成hf之后秒敛，怎么破
因为我要跟他比的东西都是bp86下做的所以必须在bp86下跑
scf不敛
现在qc敛了但是感觉太亏
对啊
qc后计算量多了快5倍左右
都不灵
倒是hf秒敛
A:
“解决”不收敛最烂三个做法：
1. 5/13=1
2. maxcyc=几百
3. 上来就qc
Q:
[图片]
A:
试博文其它方法去
Q:
试了一些都不好使。。
A:
那些方法若都不灵，pople也救不了你
随意乱试无意义
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2016.05.22 01:10:31
Q:
Sobereva老师，有啥软件在截断PDB文件做QMMM计算的时候，可以从残基之间截断，而不是单纯的从化学键之间截断...
A:
那不就是选取一些残基当QM，截断在肽键？
gview就可以按照残基来选取
Q:
文件太大啦...10万个原子，就取1万个左右..设定半径来截断的话，残基破坏了..用不了amber..
gview可以按残基来选取截断..？啊，还有这功能..
QM部分就100来个原子，很好取，就是截断PBD文件建模型的时候
A:
我记得TAO工具里就有可以给定半径，然后把这个范围内牵扯到的残基都选取的
gview：
[图片]
另外你也可以用VMD，靠诸如same resid as 20 within xxx来获得比如在xxx附近20埃以内的残基（残基哪怕只有一个原子在里面也会被选中），然后可以获得这部分原子序号，之后写个小脚本之类帮助产生对应的ONIOM输入文件
Q:
太感激了...~~~
gview读pdb之后自动加H，但是加不对，很多原子很难找到那个加错了..这个怎么破呢...[表情]
A:
那你用别的加吧，比如ambertools里的leap，更保险
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2016.05.22 03:39:26
Q:
求助一下，激发态s1和基态的电子密度差怎么做，谢谢
有没有人用过q-chem
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.05.22 05:08:18
Q:
大家好，我用下面的方法计算激发态
#p cam-b3lyp/genecp TD=(NStates=15,singlets) scrf=(cpcm,solvent=thf) geom=connectivity guess=read nosymm density
然后在上面的chk文件基础上，用下面方法做NTO分析，结果两个计算结果中，激发态最大吸收波长不一样，差20nm，请问怎么修改才能得到一致的结果？
#p Geom=Check TD=(NStates=10,singlets) cam-b3lyp/genecp scrf=(cpcm,solvent=thf) Guess=read nosymm density=transition=1 pop=(saveNTO,NTO)
A:
nstates应一致
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2016.05.22 06:47:05
Q:
[图片]
[图片]
随意感受一下
A:
看了前面贴的图，找到帖子，简直可以当笑话看
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
突然好奇，发现网络上首现iop(5/13=1)是在这篇1998年的CCL上，当时用的还好像不错，是用来读一个失败的单点做初猜，调VShift继续算
[图片]
第一个错的指导是2000年的CCL，一个Auburn大学的人让人用没收敛的波函数算TD
A:
感觉可以专门发个帖考证5/13=1祸害人间的历史
Q:
[图片]
第一个能搜到的错误中文指导是在2005年1月8号，中国化学化工论坛让人用iop(5/13=1)解决不收敛。不过之前已经有多个地方的提问中使用了这个关键词，但都没有讨论这个问题
A:
感觉5/13=1病毒爆发离不开小毒虫
Q:
难道你们忍心因为5/13=1干了一些坏事，就把这么一个偷懒利器打入冷宫么[表情]
我觉得关键在于使用5/13=1做收敛不优化的成功率有多高。
[图片]
顺带找到了说qc是“强制收敛”的来源
A:
这里主要还是说单点
至于恰当利用5/13=1解决opt问题算是有经验的用户才能驾驭的奇淫技巧，不是这里的矛头范围
Q:
不过我承认，让萌新用这个确实有点容易不端正
A:
我去，还防止自旋污染
Q:
特殊情况用它在opt里用来跳一步原理上也还好，只不过给#p都不打的小白说危险性太大，如果不把各种方面都讲清楚，就说一句iop(5/13=1)，我认为害人的可能性比救人高太多
想当年我用尽各自方法却scf 不收敛，却用这个5/13搞定的时候。所以我对它还是有感情的。
之前建模多半都是chemdraw+chem3d+mm2的流程
不过后来建模的水平提高以后确实很少用这个5/13=1
中文网页，提到iop(5/13=1)解决收敛的有2910条，小木虫573条[表情]
Q:
[图片]
不想干活，写了一封邮件问Gaussian Help 怎么看 iop(5/13=1) 的事情，[图片]然后建议他们在用了 iop(5/13=1) 的时候在最后给一个巨大的警告。
A:
[表情]
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2016.05.22 17:25:08
Q:
请问，分子轨道图的用途是什么，能用来干什么？
A:
看结构化学书，或看诸如《图解量子化学》等专门基于轨道讨论化学问题的书，靠前线分子轨道可以预测反应位点。有些问题诸如电子激发也能通过考察涉及的分子轨道讨论
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2016.05.22 18:05:51
Q:
老师您好，RDG填色等值面分析除了可以分析氢键以外，还能分析其他的性能吗？比如物理吸附方面的，谢谢
A:
对弱相互作用都可以分析
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2016.05.22 18:27:03
Q:
老师您好，我算出来的过渡态能量比反应物还高[CCSD(T)/6-311+G(2df,2p)//B3LYP/6-311+G(2df,2p)] 这样合理吗？
A:
给优化目的的DFT和CCSD(T)用相同的基组太糟糕
中间体比反应物能量高是很正常的
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2016.05.22 18:33:48
Q:
老师我想问一下，如何在一个化合物中对比两个键的强弱应该对比他们的键级值吗？麻烦老师了
A:
键级只能对比同类化学键。不是同类的要比键能
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2016.05.22 19:37:53
Q:
sob老师，之前由于能垒差值太小(0.67kcal)，我按照您说的使用b2plypd3/ma-tzvp来计算单点能，有的过度态和复合物能够成功算出来，但有一些又出现了高斯bug，想请问下您我应该如何调整才能避免这些bug？
A:
啥bug？高斯搞不定就用ORCA
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2016.05.22 19:41:14
Q:
各位老师，我在算水分子和一个大分子弱相互作用时，其中一种优化结构是这样的。根据临界点生成了键径进行分析，水分子与周围的很多基团生成了弱氢键，但是这里水分子中的O和苯环上的一个C也相应生成了键径，这是为什么呢？@Sobereva
[图片]
我图中红色位置标注的，是C和O之间直接生成键径了，不知道什么原因
A:
没有什么特殊的意义，弱相互作用分析不要过于看重临界点，数学意义!=化学意义。可以绘制RDG图看看。
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2016.05.22 20:15:54
Q:
[图片]请教下，NBO分析里面，这个Fe和O之间反键轨道，有一个单占据，不过Fe和O之间距离不在成键范围内，这个电子是一边分一半吗
A:
你还是看看轨道图形吧。占据数这么高还判断成反键也是醉了
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2016.05.22 22:49:36
Q:
[图片] 老师，我irc计算的时候最后都是这样的提示，最后的结构和产物或者反应物的结构差不多，但就是不能正常结束
gs2，lqa，stepsize调整都试过
A:
这不是报错提示
Q:
Normal termination of Gaussian 09 at Mon May 23 02:56:37 2016.
说的是正常结束
[表情]但总感觉不对头啊
A:
结果对就完了
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2016.05.22 22:51:43
Q:
SOB老师，一直以来的疑问是：IRC只走几个点就正常结束，分明没有到目标反应物或产物，是何原因？如何解决呢？
A:
[图片]
Q:
[图片]
这个是指在优化过渡态的时候，而不是走IRC的时候，对吧
A:
是
Q:
我的感觉是这个方法（内秉反应坐标？）本身不是很稳定，任何反应都很少有IRC一次走到头的，不知道是不是这样，SOB老师给个解释吧
A:
IRC理论本身是严格的
只不过有不同数值实现，有的数值稳定性上好有的不好，有的速度快有的速度慢
只要设定得当，点数足够多，还是可以走到头的
Q:
calcall是irc的时候，这个我知道@糖
A:
calcall对于定位过渡态，以及走准IRC都有帮助
opt和IRC里都能用calcall
----------------------------------------------------
2016.05.22 22:58:24
Q:
老师，如果自洽场70多圈了还未收敛，是不是一般就是不收敛了？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.05.22 23:10:01
Q:
谢谢老师，但是多原子分子的键能怎么进行计算呢？我看过的例子大部分是双原子分子的键能计算@Sobereva
A:
整体减去断键后两个片段的能量
Q:
我算的是一个成环的物质即使断开一个键还是连在一起的！只要把这个键拉开就可以吗？
A:
根据情况自行设计计算路线，诸如旋转一个键，让另一个键充分断开，比较能量差。如果这个过程导致出现位阻之类，再去自行设计计算模型去补偿这部分能量。
如果是有机分子的键，可以根据键级-键能关系通过算其键级来估计键能，此时适合用拉普拉斯键级，见群共享Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space里的讨论
Q:
老师，我想问一下在金属有机分子中C=C键和C=O键我直接进行拉普拉斯键级大小的比较是不是就可以定性的比较这两个键的强弱！我刚才在拜读Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space这篇文献的时候没有找到您之前说的根据键级-键能的关系通过算其键级来估计键能的方法麻烦老师了
A:
不能。因为一个有极性一个无极性。
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2016.05.22 23:16:14
Q:
老师，dft的话，加了opt加了tight，必须要加上int=ultrafine么？
A:
最好加
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2016.05.23 00:10:28
Q:
老师：您好DOS图这[图片]，红色小框中对应的轨道能量是否是和out文件中的轨道能量相互对应的，还是需要什么矫正？谢谢！
[图片]老师：您看！在绘制DOS图的时候突然少了蓝色的先，请问是什么原因造成的呢？谢谢！
A:
横坐标就是轨道能量
少了蓝线可能是本身frag2就没贡献，或者定义操作有误
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2016.05.23 00:46:35
Q:
[图片]老师，请问，我的电脑自动升级到Win10系统，然后multiwfn的复制功能就变成了这样，不能复制一列数据到excel，应该怎么办啊？多谢了@Sobereva
A:
你在win10的powershell里运行就可以选中列了
Q:
老师，不好意思，请问这个要怎么操作啊？怎么在powershell里运行啊
A:
just google
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2016.05.23 01:07:58
Q:
Sobereva老师，G09-E01应该没有冗余坐标的BUG了吧..
A:
本来D.01也没有bug
不能设初值是故意而为之的
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2016.05.23 01:08:49
Q:
老师，就是部分b2plyp/ma-tzvp计算结果出现 DoSCS=T DFT=T ScalE2(SS,OS)= 0.270000 0.270000
Fully direct method using O(OVN) memory.
Internal consistency failure #1 in GetIJB.的报错，但是一部分又是可以计算的，这是为什么呢？有没有另一个相同精度的泛函和基组我可以试试呢？@Sobereva
A:
问高斯客服，程序bug
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2016.05.23 01:08:52
Q:
[图片]
在写一个类似Shermo的东西，自动从out里读数据，遇到较大的分子惯性矩显示不出来，有别的办法得到么？
A:
可以通过转动惯量换算
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2016.05.23 02:27:15
Q:
[图片]
感兴趣的可以下源资的gmx资料，感觉就是网络资料的堆积
要价3000真不值
坑
A:
从幻灯片看，很多内容感觉就是抓一些相关文章讲一讲主干，但原理和操作讲得不充分。
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2016.05.23 03:54:31
Q:
请问 Multiwfn 是否可以通过给定一个txt文件进行高斯拟合 txt文件中包含的是振动频率和强度两列数值想拟合一个IR出来
A:
可以。输入文件可以是记录这些信息的文本文件
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2016.05.23 04:07:47
Q:
Sobereva老师您好！我想用Multiwfn做CDA分析，请问计算每个片段的单点能时是否需要先检查波函数的稳定性？因为我做的体系里定义的一个片段是过渡金属，如果不检查波函数稳定性，往往得不到其基态能量。谢谢！
Sobereva老师您好！我还有一个关于CDA的问题。在计算片段单点能时，应该怎么定义片段？。比如离子化合物NaCl吧，是定义片段为离子形式（Na+ + Cl-）呢，还是定义为中性形式（Na + Cl )呢？谢谢！
A:
zg 也不一定金属就非得用基态，通常来说应该用最接近于分子中其实际状态的电子态。
一些讨论看http://dx.doi.org/10.12677/japc.2015.44013
zg 两种定义都可以，取决于你怎么研究。当前问题通常取Na+和Cl-，这样更接近于分子中两个原子的实际情况
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2016.05.23 06:24:10
Q:
sob老师，您好，我在用KisTheIP时，想知道这里的速率常数是用哪个公式算的呢？ [图片] ，用阿伦尼乌斯公式k=A*exp(-Ea/RT) 对不上结果
阿伦尼乌斯用微观数据带不进去吧
那用什么公式计算呢？
A:
过渡态理论
Q:
我看表格中有cm3/molec，我想知道是怎么来的？
A:
cm3/molec/s就是单分子反应k的常用单位
如果最基本的还不了解最好看看物化书里反应速率部分
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2016.05.23 06:30:48
Q:
gamess 是哪里出了问题
[图片]
A:
从这里看不出来
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2016.05.23 06:38:53
Q:
老师我做个扭转角的扫描关键词是# opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) scf=xqc
坐标后一行加了A 5 32 4 106.65882 S 9 20
但是刚一选就退出了，什么都没算请问下老师我哪错了呢？我用的是冗余
[图片]
这是输出文件
都没算
最后一行空行？
坐标后空了行才加的
A:
从C.01版开始已经不允许设定初值
而且步长也得写成小数不能是整数
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2016.05.23 06:41:58
Q:
问下sob老师，石墨烯为底片，有一个苯环的分子，和另一个有极性有pi键的分子，如果从范德华力成分来讲，两个会有差异么？是否色散和诱导力比重不一样
A:
量化里不说什么诱导力
这两种情况，色散和静电作用的比值会不一样
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2016.05.23 06:52:50
Q:
[图片]老师我的这个错误怎么解决呀，刚刚开始接触，不太懂@Sobereva
问题
A:
又是几何优化不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
[图片]老师这是我输入的
A:
[表情]
Q:
全都删了
A:
仅用#P B3LYP/6-311G** opt freq，到时候有报错再按我给的帖子的方法解决
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2016.05.23 18:57:39
Q:
请教一个问题，像C-H....O这种比较弱的氢键（键能小于10kJ/mol），在做弱相互作用分析的时候，我可不可以把归纳在范德华相互作用？或者说弱氢键和范德华作用有没有明确的分界呢@Sobereva
A:
这种氢键色散作用和静电作用重要性在同样程度上
从来没有什么明确划分
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2016.05.23 19:14:00
Q:
是可以读出分子的大小吗？
额，我不是太懂这个，水分子的体积能帮我看看吗？
就是想知道它的大小，能不能进入我材料的层间[表情]
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2016.05.23 21:57:40
Q:
sob老师，我按照你的建议把NTO分析的Nstates增加到与激发态计算一样多，结果对应的Sn激发态，波长还是相差20nm，请问有什么解决办法？
计算激发态方法
#p cam-b3lyp/genecp TD=(NStates=15,singlets) scrf=(cpcm,solvent=thf) geom=connectivity guess=read nosymm density
然后在上面的chk文件基础上，用下面方法做NTO分析，
#p Geom=Check TD=(NStates=15,singlets) cam-b3lyp/genecp scrf=(cpcm,solvent=thf) Guess=read nosymm density=transition=1 pop=(saveNTO,NTO)
请问怎么能在NTO分析中，把激发态计算的density的内容加进去？density=(current,transition=1)试过了，报错。
A:
把第二个的davidson迭代收敛限设得和第一个一样严
Q:
"把第二个的davidson迭代收敛限设得和第一个一样严",
意思是TD=(NStates=15,singletsl,convert=6)吗
A:
y
之后你仔细对比一下两种情况的SCF能量以及davidson迭代过程的输出就知道了
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2016.05.23 22:10:44
Q:
[表情]赶紧参加培训班吧，你这个水准，走弯路不可避免了
去哪里参加啊
社长的博客在哪
A:
多关注本群和计算化学公社论坛以及科音主页www.keinsci.com，5月刚办完第二届基础量子化学培训班，7月可能还有个暑期班你可以参加。
对原理稀里糊涂绝对算出来的结果全都是垃圾数据，浪费人参和计算姬。
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2016.05.23 22:50:18
Q:
可不可以让gaussian输出更多SCF信息，比如每次密度矩阵，F矩阵。。。。。@LiYuanhe
A:
IOp(5/33=3)
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2016.05.23 22:56:33
Q:
sob老师，我在计算一个石墨烯层板上放Mg2+做一个初步优化，用B3lyp/6-31G*,刚开始没加关键词，出现L502，后来加了int=ultrafine 还是不收敛，再加上SCF=(NoVarAcc,noincfock)，还是一样，而且我查看报错的log文件的时候打开优化过程的轨迹，优化都没跑一圈就直接报错了
A:
博文里还一堆解决方法，再试其它的
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2016.05.23 23:27:24
Q:
[图片][图片]计算化学新手求教，我模仿文献算homo和lumo，采用B3LYP/6-311G，请问怎么在Avogadro上设置？
[图片]就像我要把! BP RI OPT def2-SVP def2-SVP/J 改成6-311G吗？ B3LYP该放在哪呢？
A:
BP改成B3LYP就完了
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2016.05.23 23:32:12
Q:
[图片]老师计算激发态报这样的错误怎么解决呢（我试过加大STATe也还是优化不出来）
A:
减小步长上限
Q:
老师，我在关键词里没设步长是要加上maxstep
A:
maxstep设诸如5~10，同时写notrust
Q:
#p td(nstates=5,root=1) pbe1pbe/6-31g* opt(maxstep=10 notrust) scrf(solvent=dichloromethane) 老师这样设关键词吗
A:
可以试，如果不行再把nstates设大到比如15
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2016.05.24 00:05:07
Q:
赖文的量子化学
这是哪本有没有人穿个封面？
A:
看群共享
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2016.05.24 00:07:57
Q:
其实你们可以办个网校啥的录视频
A:
不办
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2016.05.24 00:08:10
Q:
谢谢sob老师。我想说明的是一个分子表面某些地方与水分子形成O-H...O强氢键，那是氢键作用，表面亲水性。某些地方，比如苯环，甲基等位点与水分子形成的是C-H...O弱氢键，我可以把这些弱氢键归为范德华作用，说这些位点是疏水性的吗？
A:
不能说范德华作用，还是氢键，只不过很弱，这样的氢键对体系造成的焓的降低对自由能的影响抵不过这些区域疏水作用时导致的熵增加对自由能的影响，所以表面上还是呈现疏水性。
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2016.05.24 00:11:33
Q:
有谁记得sob老师模拟乙酸钠体系不同的电荷分配的那个网址？
谁有呢，分享一下，谢谢啦
A:
不知道你说的是什么
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2016.05.24 00:18:10
Q:
[图片]高斯计算前面一堆分数是表示什么意思
A:
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57
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2016.05.24 00:38:53
Q:
请问，从一个初猜结构优化至过渡态，这个初猜结构要不事先固定成－断键长做一次最小化，然后再优化至过渡态？
A:
一般没必要。本身找过渡态的时候就会优化和反应坐标无关的其它变量到极小点
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2016.05.24 00:41:18
Q:
各位老师，我优化后，做TDDFT，为什么有时候有ECD光谱，有时候没有呢[表情]
A:
什么叫没有？ECD谱是个水平线？
Q:
紫外下面就没有其他谱线了
A:
看看输出转子强度没有
有转子强度就能绘制ECD
Q:
哦哦，那是和输入文件有关系吗
A:
正常写绝对会输出
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2016.05.24 01:11:05
Q:
老师我看有人在理论计算一些反应时，在势能面中出现了中间体。这个也是通过自己猜测然后用IRC进行验证的吗？
A:
恩
Q:
老师同一个反应别人的论文里。他有中间体而我算的没有。我的计算也没有明显错误。那我的算是对还是错？是不是就没啥价值了？
A:
看是谁的论文，可信程度有多高
如果可信程度高，再反复调调初猜，用一些合适的关键词试图找到。实在不行就管作者要结构
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2016.05.24 01:29:23
Q:
老师您好，我想请问一下，计算不同差分步长应该怎么输入？@Sobereva
A:
干什么的差分步长？
Q:
计算超极化率的差分步长
A:
高斯手册polar关键词里一搜step就能找到
Q:
是不是polar的步长不管设的多小，也赶不上解析导数计算的精确？
A:
对
而且本身也不是越小越准确
Q:
太小了可能有数值噪点（大概？）
那步长仅仅是给那些没有解析导数使用的？
A:
y
Q:
DFT这样的完全没必要？
A:
要算涉及到>3阶的性质就得有限差分了
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2016.05.24 01:46:43
Q:
[图片]请问，冗余坐标和分子说明之间是隔一行，还是隔两行？
A:
一行
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2016.05.24 01:49:32
Q:
提醒了我去看一下CPHF是怎么回事。。。
赖文里有吗？
A:
levine书里没有，可以看jensen的书
Q:
好像很多物理量都是要解CPHF方程的，
A:
对于HF/DFT，只要算能量>=2阶导数就得做CPHF，这是为了求波函数的导数
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2016.05.24 02:39:54
Q:
[图片]
几何优化，失败了，怎么破
sobereva.com/164
这网址我都背过了。。。
先换了G09再说
[表情][表情]
优化结束的坐标取出来，接着算
A:
先换了G09再说
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2016.05.24 17:26:47
Q:
[图片]请问这个结构的混合基组怎么写啊？Sm用RECP基组，其他原子用6-311g基组，方法b3lyp
我写了一个，可是错误了
A:
hand 格式对应即可
hand 详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.05.24 17:27:01
Q:
[图片]
请问优化时遇到这样的情况[图片]不正常结束应该怎么处理
[图片]
A:
干嘛写=cards？
先看看优化轨迹，并把能量曲线放大
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2016.05.24 17:54:59
Q:
用oniom算优化 qm部分用 b3lyp/6-31g** mm部分用uff 算为什么输出的fchk文件里没有qm部分的轨道系数啊
A:
ONIOM就是这样
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2016.05.24 18:04:30
Q:
[图片]各位老师，这都跑了177步了还不收敛
看着RMS似乎没希望收敛了
[表情]iop(1/8=5）类似关键词一般情况下群里老师都不怎么建议用啊
体系较大，我杀死任务后保存最后结构用int=ultrafine跑一下看
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.05.24 18:38:24
Q:
sob老师，计算溶剂下的吉布斯自由能，画框的部分是多少，需要计算这部分吗[图片]
热力学组合方法算的气相自由能是指的那个能量呢[图片]
A:
常温下是1.89kcal/mol
都不是。去输出文件末尾找
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2016.05.24 18:49:56
Q:
在溶剂的SS模型下计算激发吸收，
[图片]
请问，在第二小步骤中，激发吸收不考虑溶剂慢部分，那为何还要考虑溶剂的自洽迭代呢？
请问，下面两步是否可以合成一步
[图片]
改为[图片]
A:
你是指外迭代？这跟非平衡溶剂效应是两码事。
不要看手册害人的例子，看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.05.24 18:56:43
Q:
请问在高斯输出结果里如何打出偶极矩阵呢，谢谢了
A:
根本没有偶极矩阵这玩意儿
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2016.05.24 19:02:07
Q:
想请教一个问题，我用高斯中的关键词 scharm=f 出现了l1错误，我在输入的时候哪里写的不对？贴图是我的输入和输出文件
[图片][图片]
A:
根本不是写在route section位置。如果你不会用就别写，想设频率校正因子用scale=
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2016.05.24 22:10:55
Q:
如果较好的弱相互作用水平计算，加上BSSE校正会锦上添花
[图片]
看输出结尾
A:
不会锦上添花。尤其是色散主导的相互作用，考虑BSSE问题是很有必要的，哪怕都用了aug-cc-pVTZ
看来，很多人对BSSE的理解还有很大误区！！！！！！！！！！！！！！！！1
Q:
[表情]高精度的DFT-D在定性上已经足够，BSSE不是非必须的吗？
A:
什么已经足够？
def2-QZVP这个级别你用D3才不需要考虑BSSE，此时基组完备性已经很高
为什么grimme的gcp还考虑了用在3-zeta的情况，正是因为有必要考虑。除非是静电主导的，BSSE问题较次要
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2016.05.25 00:01:44
Q:
gaussian输出SCF详细信息文件中，一些语句和词不知道是啥意思，请帮忙解释下
（1）One-electron energy包含哪几个部分
（2）CONTENTS OF -F- AT THE START OF FOFCLO
和CONTENTS OF -D- AT THE START OF FOFCLO
和CONTENTS OF -F- AT THE END OF FOFCLO是啥意思
[图片]
[图片]
为什么没人关注我的问题 @Sobereva
A:
那种乱七八糟的输出要么问开发者，要么看源代码，要么看高斯程序猿手册。本身也不是想让用户看明白的
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2016.05.25 00:26:28
Q:
请问一下大家，有没有见过这样的图[图片]
A:
就是Multiwfn做的跃迁密度图，论坛上已经回复过了
Q:
sober老师，我想问问谁做过这个？[表情]
A:
有问题直接问，没必要试探
这点这在群规里写得很清楚
Q:
sober老师，您误会了，我想问问有没有做个这个的
因为不是很明白
不好意思
A:
不要问有没有谁做过，到底想问什么，或者说，当有人告诉你他做这个，然后你想问什么，直接问清楚
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2016.05.25 00:37:09
Q:
重叠密度指电子密度差？
overlapped densities
A:
不是。当单一轨道对主导电子激发的情况，跃迁密度就是两个轨道波函数的乘积而已
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.05.21 02 ~ 2016.05.25 01 Concate（含既往全文）

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