求助如何使用质心牵引（SMD）获取底物释放的随机性

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-12-7 16:12:49

本帖最后由溪临昭煌于 2022-12-8 10:17 编辑

各位老师好，我的酶被预测出存在多个底物释放通道，因此想使用Gromacs中的质心牵引功能对蛋白-配体复合结构中的配体进行拉伸，观察配体脱离蛋白时的通道选择性并统计概率分布。但是在进行了200次独立的质心牵引后发现底物均从同一个通道释放，因此想请教各位老师如下问题：
1. Gromacs中质心牵引的底物释放过程是否只和mdp文件中的参数设置有关？是否如果牵引方式和牵引原子保持不变则释放通道始终不变？
2. 有什么方法或者参数设置方法可以使底物释放过程具有随机性和统计学意义吗？
下图为我的mdp参数设置，谢谢各位老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-8 03:16:35

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

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[GROMACS] 求助如何使用质心牵引（SMD）获取底物释放的随机性

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