求助：胰岛素gro的结构连接错误

wyfgg · 发表于 Post on 2022-12-9 14:03:49

老师好，我使用pdb2gmx将胰岛素转换为gro，然后在VMD中发现B链不显示，并且A链末端的显示非常奇怪，蓝色的为gro构象，绿色为原始构象。之后使用VMD导出为pdb后在Pymol中查看，构型更加奇怪，已经不显示α螺旋了，并且出现很多断点。
但是在AutoDock、SpdbV、Discovery Studio和Schrödinger中查看，却又是正常的。
请问这种情况下是我软件版本的问题吗？可以接着进行MD吗？

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-9 17:16:36

你检查一下你down下来的pdb文件有没有问题吧。刚刚稍微看了一下结构，你这个pdb文件里有一个苯环有无序，不知道这样会不会影响你的模拟。

wyfgg · 发表于 Post on 2022-12-10 10:59:48

GoldenBaby 发表于 2022-12-9 17:16
你检查一下你down下来的pdb文件有没有问题吧。刚刚稍微看了一下结构，你这个pdb文件里有一个苯环有无序，不 ...

您好，我检查了一下这个PDB，发现A链的TYR的苯环存在问题，删除多余结构后VMD还是显示一楼那个样子

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-10 11:27:05

wyfgg 发表于 2022-12-10 10:59
您好，我检查了一下这个PDB，发现A链的TYR的苯环存在问题，删除多余结构后VMD还是显示一楼那个样子

上传上来看看

wyfgg · 发表于 Post on 2022-12-10 11:33:21

GoldenBaby 发表于 2022-12-10 11:27
上传上来看看

老师好！3i40a是我清理之后的文件，3i40和3i40a生成的gro文件均在VMD中显示异常

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-10 19:31:58

本帖最后由 GoldenBaby 于 2022-12-10 19:50 编辑

wyfgg 发表于 2022-12-10 11:33
老师好！3i40a是我清理之后的文件，3i40和3i40a生成的gro文件均在VMD中显示异常

3140a.gro里面二硫键有问题吧，应该是你格式转换过来的时候，加氢出了问题。请仔细检查你用的所有文件，稍微仔细一点应该不难看到。

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