求助：Moltemplate:聚合物LT文件的书写

luogaoyang123

各位老师好，我用Avogadro生成了一条原子数758的PI链，得到了坐标pdb文件，想要用Moltemplate生成LAMMPS所需要的data文件，不清楚所需要的lt文件如何书写，求指点。

Puying

B站上面搜moltemplate第一个视频是个中文教程，里面有讲水分子的lt文件写法。格式都是一样的，涉及到无非是所有原子的原子类型和成键信息。此外，不同力场引用的力场lt文件也不一样。

luogaoyang123

Puying 发表于 2022-12-12 13:22
B站上面搜moltemplate第一个视频是个中文教程，里面有讲水分子的lt文件写法。格式都是一样的，涉及到无非是 ...

Puying老师，对于水分子只有三个分子，xyz坐标可以根据角度算，对于一个复杂分子xyz坐标怎么写啊？还有就是键角参数如何获得，有的查文献查不到。

Puying

luogaoyang123 发表于 2022-12-26 15:41
Puying老师，对于水分子只有三个分子，xyz坐标可以根据角度算，对于一个复杂分子xyz坐标怎么写啊？还有就 ...

复杂的单个分子的坐标是通过现有的建模软件，比如MS，avogadro，gv等获得的。如果是大量分子，可以通过packmol对单个分子进行pack获得。

实际上，键长键角等信息不需要写在lt文件里面，lt文件里面只需要连接关系就好了。分子的坐标信息可以通过pdb文件等带入，进而生成data文件。
例如：

moltemplate.sh -atomstyle full -pdb xxx.pdb system.lt

system.lt里面定义了连接关系等，pdb文件提供了所有分子的坐标。

luogaoyang123

Puying 发表于 2022-12-26 23:08
复杂的单个分子的坐标是通过现有的建模软件，比如MS，avogadro，gv等获得的。如果是大量分子，可以通过pa ...

好的  谢谢老师

Puying

luogaoyang123 发表于 2022-12-27 10:12
好的  谢谢老师

补充一点。如果是使用现有的力场，lt文件里面需要有对应力场的原子类型和连接关系。如果是用第三方力场，例如粗粒化力场等，则需要根据力场信息写力场的lt文件。在分子的lt文件里面需要引用这个力场lt文件。具体的写法和格式可以参考moltemplate自带的例子。

luogaoyang123

Puying 发表于 2022-12-27 16:12
补充一点。如果是使用现有的力场，lt文件里面需要有对应力场的原子类型和连接关系。如果是用第三方力场， ...

好的  

1651561651

Puying 发表于 2022-12-26 23:08
复杂的单个分子的坐标是通过现有的建模软件，比如MS，avogadro，gv等获得的。如果是大量分子，可以通过pa ...

老师，聚合物体系分子链很长，原子坐标很多有什么办法可以快速地读取各分子坐标以及对应的原子类型吗

slxc920113

1651561651 发表于 2024-4-16 00:28
老师，聚合物体系分子链很长，原子坐标很多有什么办法可以快速地读取各分子坐标以及对应的原子类型吗{:7_ ...

https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

1651561651

slxc920113 发表于 2024-4-16 11:54
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

老师我就是用MS先建模然后导入，用这个写的lt文件，但是我的聚合物里面有个硝基，生成的lt文件里面显示那个氧原子连接了一个氢原子，还有原子类型有些也对不上

1651561651

1651561651 发表于 2024-4-16 12:56
老师我就是用MS先建模然后导入，用这个写的lt文件，但是我的聚合物里面有个硝基，生成的lt文件里面显示那 ...

解决了，原来是我建模时出了问题

ddddnight

Puying 发表于 2022-12-27 16:12
补充一点。如果是使用现有的力场，lt文件里面需要有对应力场的原子类型和连接关系。如果是用第三方力场， ...

请问一下老师，packmol或者ac盒子生成的pdb大体系文件怎么转换成lt文件呀，建模还是这俩用的顺手，而且想用oplsaa力场