求助亲水和疏水小分子过膜能量计算、伞形采样的问题

熊小熊

     大家好，我想请教一个问题，我在伞形采样计算小分子过膜能量时，按照文献解释，疏水性和亲水性的小分子过膜的能量趋势不同，但是我计算出来始终是一样的趋势，尝试了很多种物质，得到都是同样的趋势，我想问问伞形采样计算过程中，有什么指标可能导致这类问题呢，或者说GROAMCS在模拟计算时对于亲水性和疏水性有啥特别的指标。
      还有就是每个伞形采样窗口的膜模拟时间长短会影响曲线趋势走向吗？

sobereva

亲水和疏水分子在GROMACS计算上没有任何区别。只不过大量的原子带的电荷绝对值偏离0显著通常会体现出亲水效应（因为和水分子的静电相互吸引作用较强），反之是疏水。也可以用下文的MPI指数定量化讨论分子的极性，和亲水疏水有一定关系
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）

趋势不可能严格相同。有可能模拟设置问题，也可能拓扑文件问题（特别是原子电荷的合理性），亦或者俩分子亲水疏水差异本身就不大。

熊小熊

sobereva 发表于 2022-12-23 13:24
亲水和疏水分子在GROMACS计算上没有任何区别。只不过大量的原子带的电荷绝对值偏离0显著通常会体现出亲水效 ...

好的，谢谢老师，我再研究研究。