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[GROMACS] 求助amber14SB和charmm36力场 md.mdp文件问题

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问题1:amber14SB立场下,vdw-modifier 选择 potential-shift-Verlet情况下,rvdw-switch是否无需设置,默认为0?
问题2:关于温度耦合常数和压力耦合常数,应该如何设置值的大小?
问题3:nose-hoover Parrinello-Rahman 在md.mdp中联合使用与 v-rescale Parrinello-Rahman 以及 v-rescale berendsen ,这三种方法各自有什么区别,对于蛋白质和复合物的模拟常用哪一种方法?


最后,上述md.mdp文件还有什么需要改进的地方吗?


谢谢大家热情解答!!!

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发表于 Post on 2022-12-26 21:34:33 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意

1 对于AMBER力场,vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet就完了,没必要自己设别的。rvdw用1.0

CHARMM36用GROMACS手册里建议的非键作用的mdp设置

2、3  热浴一律用V-rescale,tau_t通常0.2。平衡相用Berendsen压浴tau_p = 0.5,产生相用PR压浴tau_p = 2.0

不懂的别自己乱设,诸如fourierspacing用默认的0.12比你自己设的0.16精度更高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-28 14:54:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的,谢谢老师的解答

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发表于 Post on 2023-9-29 21:32:27 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗,还是只有md.mdp文件不一样呢;您知道有能找到amber14sb力场所有相关的mdp文件的网址吗,能否推荐一下

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发表于 Post on 2023-10-1 00:11:29 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

产生相可以用c-rescale吗?PR非常容易崩。

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发表于 Post on 2023-10-1 06:41:40 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2023-10-1 00:11
产生相可以用c-rescale吗?PR非常容易崩。

可以
PR已经没多少存在价值了,正如同V-rescale已经取代了Nose-Hoover一样
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发表于 Post on 2024-2-20 10:11:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-1 06:41
可以
PR已经没多少存在价值了,正如同V-rescale已经取代了Nose-Hoover一样

请问sob老师,现在压力耦合一般用什么耦合器?看文献在产生相用的比较多的还是PR,有更好的上位替代吗?

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发表于 Post on 2024-2-20 17:16:35 | 只看该作者 Only view this author
CCCCCC921 发表于 2023-9-29 21:32
您好,请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗,还是只有md.mdp文件不一样呢;您知道有能 ...

charmm-gui,最后选择力场的时候可以选charmm或者amber

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发表于 Post on 2024-2-20 23:43:05 | 只看该作者 Only view this author
youknowdcf 发表于 2024-2-20 10:11
请问sob老师,现在压力耦合一般用什么耦合器?看文献在产生相用的比较多的还是PR,有更好的上位替代吗?

C-rescale目前是最理想的,类似于velocity-rescale在热浴里的地位

参见北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:



产生相一用PR没什么问题,但如果发现异常震荡、盒子尺寸维持不好之类情况,改用c-rescale或Berendsen
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sobereva 发表于 2024-2-20 23:43
C-rescale目前是最理想的,类似于velocity-rescale在热浴里的地位

参见北京科音分子动力学与GROMACS培 ...

感谢sob老师解惑

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发表于 Post on 2024-8-21 09:29:50 | 只看该作者 Only view this author
感谢

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发表于 Post on 2025-1-7 12:21:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
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sob老师,对于gaff力场,和amber力场设置一样吗?vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet,rvdw和PME都用1.0。

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发表于 Post on 2025-1-8 03:21:43 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-1-7 12:21
sob老师,对于gaff力场,和amber力场设置一样吗?vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet,r ...

一样
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发表于 Post on 2025-5-13 22:05:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
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请问老师,如果已经用ff14SB力场计算,cutoff都设成1.2nm会影响结果精度吗?
我的理解是,因为有PME,所以不会影响静电相互作用的准确性。但是rvdw=1.2会不会影响结果,我不太确定。想请教一下老师。

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发表于 Post on 2025-5-13 23:36:03 | 只看该作者 Only view this author
团团团子zzz 发表于 2025-5-13 22:05
请问老师,如果已经用ff14SB力场计算,cutoff都设成1.2nm会影响结果精度吗?
我的理解是,因为有PME,所 ...

不会影响结果精度,但没有任何意义非得刻意用1.2。通常rcoulomb和rvdw保持一致,而范德华作用用截断方式计算,rvdw越大耗时越高
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