VMD统计采用spc/e的纯水溶液中的氢键数目为0

UserBZH · 发表于 Post on 2023-2-7 11:02:50

本帖最后由 UserBZH 于 2023-2-7 11:07 编辑

采用VMD统计了由SPC/E水模型建立的纯水溶液，name 1为O，为什么统计结果为0

UserBZH · 发表于 Post on 2023-2-7 15:26:35

自问自答一下，出现此问题一般是vmd分区问题，让vmd正确识别原子就可以了

tllll · 发表于 Post on 2024-3-14 15:18:59

您好，请问您说的自动识别是指在graphical representations中选定范围自动识别吗

UserBZH · 发表于 Post on 2025-5-14 21:23:21

tllll 发表于 2024-3-14 15:18
您好，请问您说的自动识别是指在graphical representations中选定范围自动识别吗

在lammps输出时候，记得把原子类型H和O选上，命令操作为dump_modify

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[VMD] VMD统计采用spc/e的纯水溶液中的氢键数目为0