计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1183|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教如何在模拟磷脂膜时让磷脂分子绕轴转动

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

19

eV
积分
21

Level 1 能力者

我在建模磷脂膜并观察磷脂的一些特性,理论上讲磷脂分子应该是在快速绕轴转动的,但是我观察了轨迹动画、绘制了旋转自相关,发现磷脂分子并没有在转动,请问老师这是什么原因,该如何解决?
我的总时长是650ns,并且添加了钠离子和氯离子,以下是我的mdp文件:

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-2-20 12:03:04 | 只看该作者 Only view this author
温度再提高几十K看看。如果转了,说明之前温度不够、动能不足。也不排除是考察方式有问题。考察磷脂自身旋转不在于跑的时间长,而在于保存轨迹的时间间隔要足够小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

19

eV
积分
21

Level 1 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-22 13:03:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-20 12:03
温度再提高几十K看看。如果转了,说明之前温度不够、动能不足。也不排除是考察方式有问题。考察磷脂自身旋 ...

我把温度提高到了333k,但是还是没有观察到磷脂旋转,请问老师还有其他的可能吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-2-23 04:00:06 | 只看该作者 Only view this author
awein 发表于 2023-2-22 13:03
我把温度提高到了333k,但是还是没有观察到磷脂旋转,请问老师还有其他的可能吗

算算扩散系数,如果当前的膜中的磷脂都能扩散运动,没理由连转都转不动,转又不需要克服多高的势垒
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 00:53 , Processed in 0.213115 second(s), 34 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list