公社群聊Q&A整理：2016.06.08 22 ~ 2016.06.14 09 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-6-15 04:23:46

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2016.06.08 21:08:22
Q:
群主老师，我用CDA研究开壳体系的时候，体系是是一个triplet，为了保证片段总电子数和分子的电子数一致，我将片段A用quintet，B用triplet，研究的时候为了保持电子数相同，需要把B的自旋反转，最后画出的CDA图B片段的贡献实际就是beta轨道吧。
A:
此时CDA图既可以对alpha做也可以对beta做，看你做什么了
比如你做alpha的CDA，此时图上B片段的轨道实际上是B的beta轨道，因为在读入时已经把B的alpha和beta完全交换了
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2016.06.08 21:21:47
Q:
请问在跑targeted molecular dynamics的时候需要加水吗？
A:
实际是水环境就加水
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2016.06.08 21:38:44
Q:
假如如果我想做偶氮苯的光致顺-反异构机理研究（只是假如，你懂的），GAUSSIAN一个程序是不是完全可以胜任？
A:
差不多
Q:
激发态优化，势能面交叉，隙间窜越，交叉点结构……是不是高斯都能实现？
A:
看你具体做到多深
找交叉点结构没问题，激发态优化没问题
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2016.06.08 23:37:38
Q:
[图片] 请问下 6L提供的链接是啥意思？谢谢
A:
L=楼
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2016.06.08 23:42:23
Q:
各位老师，请教一个问题哈，我算的过渡态能磊是负数（-1.3 kcal）。前天在群里问过这个问题，sob老师的认为我是漏掉了一个中间体。我仔细重新核算了下，用这个过渡态跑IRC出的反应物的确是前一个过渡态跑IRC跑出得到反应物。应该没有遗漏中间体。然后我又看了下能量，SCF的确是过渡态比反应物高，但是加上零点校正后，过渡态能量就比反应物低了。这种情况该怎么解决呢？
A:
正常情况
如果自由能垒也为负说明不是化学意义上的过渡态而只是纯理论势能面模型上的过渡态
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2016.06.09 00:06:34
Q:
[图片]
脑洞大开啊用mof 补go
图画得好漂亮啊
这是后期处理的图吧？实际计算就能算出这样的？[表情]
肯定是后期用3d绘图软件画得准确来说是示意图、
一直没搞清楚这种有褶皱的怎么做的
那最原始的图可以用什么软件实现呢？
A:
在MD程序里跑个石墨烯大片就能得到这种褶皱的构型
Q:
如果会用3dmax或者maya的话，好像这种石墨烯片子并不难做。
这是石墨上做什么，反应？还是吸附？
A:
不够褶皱再把二面角力常数设小点
Q:
！真相了
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2016.06.09 00:23:53
Q:
[图片]sob老师，中间偏黄的颜色能算是lp---pi作用吗？@Sobereva
A:
明显不是，LP在另一头呢
pi-H键而已
Q:
中间偏黄，只是说明在两个氢键的外围，有一定的位阻作用吗？
A:
就当是色散作用就行了，不用解释为位阻
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2016.06.09 02:20:48
Q:
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NjIwNDA5MQ==&mid=2651621990&idx=2&sn=665269fbafd7eaed4978723f39ab5cc7&scene=23&srcid=0608YCMRc7cToDQpJv1rk26M#rd
又是骗钱
哎
A:
居然连培训通知也抄，何等...
[图片]
[图片]
2016科音量子化学暑期班预计在7月16号开办，欢迎参加，预计学生4天1200元
预计13号开始接受报名，请关注通知
Q:
[表情]
A:
只有其一半的费用，讲的全是精炼出来的干货
Q:
gmx时间还木有定么，sob，期待好久了
A:
没定，下半年肯定开
Q:
每次和导师申请去参加基础的理论培训都会说浪费时间，浪费钱，但是真心觉得去参加基础知识培训比去参加大型会议有用多了，大会议都听不懂还浪费时间
A:
开那种大会我有时候觉得犯困就干脆回宾馆睡觉去了
Q:
老师下学期会有培训么，希望回去毕业前能赶上一场基础培训，实在不行真想跟老师说，请给我这几天的假，我自己出钱还不行么[表情]
思维问题，boss认为讲这么多内容，4天，不可能，一定是在哪里放片子。故定性为圈钱[表情]
A:
下学期就没量化培训了，因为本学期和暑期都办过了，再办就是明年了
Q:
开会都是听别人吹牛，实质的东西讲的比较少
A:
+1
Q:
问到实质性问题的时候，都用这是我学生做的来回答
最关键是当你达不到那个水平都不知道人家在说什么
A:
即便水平已经不错，去那种大杂烩的会议，跟自己研究有关联的内容也没多少
Q:
[图片]
感觉涉及到实质性的东西时候，基本都不会说
就是针对0基础的吧
A:
可以参加，培训期间听懂多少是多少，回去再慢慢反复反复消化讲义，有问题可以随时在群里或论坛里问，这比任何其它方式入门都快得多得多
Q:
这个和五月份的会议有什么区别
A:
也不算完全面向零基础。零基础、中鸟、老鸟都可以从培训中受益，受益程度最高的大抵是中鸟。但零基础的人绝没有其它更快更好的学习方式了，只要回去肯琢磨、肯动脑、多实践，结合讲的内容短期内可以迅速升到老鸟程度。
Q:
绝缘体撤回了一条消息
A:
内容和5月一样，但时间少一天，所以不是特别重要的内容就略过了，但讲义上还都印着，回去自己看就行。
讲义内容相比5月有大约2%的修订或增补。
Q:
这样部分学生即使自己的导师不同意去参加培训，自己也可以通过网络视频参加
老师也是人，也得挣点钱
人每天都要吃饭的
老师饿死了，我们还如何获取知识
吃饭要钱的
视频培训也可以通过购买账号收钱啊，这样就可以方便没有办法去现场参加的孩子们了啊
我是零基础，我怕听天书，呵呵
A:
只要把培训讲的东西充分领会，本群里平日大家问的>70%的问题都可以顺利回答
培训绝对不会有视频的
Q:
佛祖传经书给唐僧还要了他的紫金钵盂呢
视频可容易传播，老师就饿死了
A:
饿死了这个群和公社论坛也就没了
Q:
就是那种现场版的，只能跟着听一次，一旦会议结束就链接不上会议视频了
1200谁都处得起
哪敢[表情]，就是想办法能多学点东西而已，也希望老师能理解
A:
嘛，电影院放电影都有枪版
Q:
这次培训班有大部分原因还是上次有很多学员没空过来，或者报名人数达到上限之后，没报上的
老师，您主要是讲multiwfn的使用吗？我想学习使用这个软件，但是用不到gaussion09那些
A:
Multiwfn明年有专门的班
Q:
波函数是波函数
A:
明年就是第三届波函数分析暨Multiwfn培训班了
Q:
上次在国内的时候，也是公社第一次组织培训跟老师说，老师不让去，完事之后的培训，人都在国外，每次只有羡慕大家去参加的份，
所以上次有个欧洲理论会议室通过视频参加的，就是只有会议期间可以链接，会议结束就链接不上，所以觉得想法很好，就想提议可不以也能这样做，可以让我们通过这样的形式参加会议，这样也会减轻部分同学住宿的负担，只需交注册费，
就只是一种想法而已
近距离见见大牛不是会更好[表情]
能视频参加的，我都会录屏
是的，所以就传播出去了
i我肯定录屏
然后老师又饿死了[表情]
那样还有人来报班吗？
A:
以后针对一些mini的专题可能会有超微网课，但不会用于这种系统性的培训班上
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2016.06.09 02:31:23
Q:
请问老师：[图片]这样的图用multiwfn能做出来吗？
A:
quite easy，看手册4.4节的例子
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2016.06.09 03:51:00
Q:
一个分子在气相和水相，计算这个分子的垂直激发能TD-DFT,是不是比较不同相的激发能的大小，就可以判断能不能容易到达过渡态，还是要怎么判断呢 sob老师
A:
过渡态跟激发能没直接关系
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2016.06.09 04:13:31
Q:
请问，气相高温下氢键可以形成么？
A:
可以短暂形成
Q:
那短暂形成对反应的影响是不是就得具体问题具体分析了
A:
恩
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2016.06.09 04:47:11
Q:
咨询一个问题，origin中如何把这些峰值的数值都显示出来？[图片]谢谢
A:
重组能的分解
Q:
sob老师能给一下重组能ppt吗想给自己科普一下
A:
这里有例子
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
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2016.06.12 19:43:15
Q:
请问，确定化合物的绝对构型，做ECD谱的时候，[图片]这个root=N的N是如何确定的，是不是应该等于几都一样啊？怎么我见网上有写要不断调这个root值的（如这个例子用的就是root=19），纳闷!
root等于多少不影响激发能
A:
网上纯属胡写。单一结构下算ECD跟root设什么丝毫关系都没有
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2016.06.13 01:01:35
Q:
各位大神，问个问题
Ar-Ar 的势能面扫描scan可以做
那可否做其中一个Ar处于激发态一个处于基态的势能面扫描呢？
A:
不能。激发是对复合物整体而言的，除非用一些诡异的技术
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2016.06.13 04:10:54
Q:
请问，有关于Hirshfeld surface analysis和2D fingerprint
plots详细分析的文章吗？ (整理Q&A)
A:
DOI: 10.1039/b818330a
Multiwfn手册也有例子
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2016.06.13 05:03:17
Q:
老师，Multiwfn可以算自旋轨道耦合吗
A:
不能
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2016.06.13 05:14:00
Q:
[图片]
请问大神这是什么问题？
还是不行，我的输入是这样的
[图片]
算一会儿就报错
不行的，我做的是二面角的scan，一定要用冗余内坐标
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
尝试其它柔性扫描的定义，恰好跳过会导致报错的点
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2016.06.13 05:37:59
Q:
计算激发态的nbo分子轨道，统计各原子的Natural Charge，下面的是输入文件
# td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-31g* scrf=(cpcm,solvent=thf)
pop=nbo
不过数据很不理想，请问是输入文件有问题吗？
对了我加上 density=current 这行指令了
A:
“nbo分子轨道”此话完全错误
怎么不理想？
Q:
重算一篇论文，作者利用nbo统计各原子的Natural Charge，我输入文件是
# td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-31g* scrf=(cpcm,solvent=thf)
pop=nbo
算出来各原子的Natural Charge与他的计算数据不符@Sobereva
A:
写density啊
如果你算的时候写了，你贴出关键词的时候也写上免得误会
Q:
嗯嗯，写了！
A:
那就是用的结构不同或具体关键词什么乱七八糟的细节不同
作者搞错数据也有可能
Q:
看您写的一些帖子，统计激发态的各原子的Natural Charge，最后选择的输入文件是
# td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-31g* scrf=(cpcm,solvent=thf)
density=current pop=nbo
可是与作者提供的数据相去甚大......我一直在怀疑是不是自己关键词写错了
A:
问作者
关键词没问题
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2016.06.13 06:27:22
Q:
请问用gaussian用tddft计算分子中某个原子的1s内层电子，激发到LUMO该如何处理呢？
例子在哪里呢
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2150
Q:
这是用ORCA的呀，请问gaussian如何实现呢
A:
举一反三，尝试用window关键词定义哪些轨道的激发用于构建激发slater行列式
Q:
好的，如果算1s激发的话，就不能用赝势基组了吧？
A:
y
Q:
那我对要算得这个1s轨道激发的原子用全电子，其它原子用赝势是可行的吧？
A:
可行
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2016.06.13 07:04:19
Q:
写了density传给L607的就是激发态的波函数吗？
A:
y
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2016.06.13 07:13:21
Q:
茗雪梧桐撤回了一条消息
A:
本群禁止使用“好吧”做句子开头，看群共享里群规
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2016.06.13 07:24:35
Q:
什么是高通量计算
A:
简单粗暴大批量快速计算
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2016.06.13 07:28:35
Q:
您好！请问multiwfn能计算化学键之间的电子云密度吗？@sobereva
能算，算出来没用。
我用你你教我的方法画出来了
"化学键之间的电子云密度"
对的，想比较环烷烃C-H键与链烷烃C-H键之间的电子云密度大小
A:
看手册4.3节的例子
更严格的做法是绘制键径上的密度，看4.2节的例子
然而算这玩意儿远不如算算键级、绘制ELF之类有用
Q:
有时候键级得不到自己想要的结果
那是因为有机里有很多用电子密度解释的地方是瞎解释
可以给出具体想比较哪两个底物的、什么反应性，选择合适的波函数分析方法分析
比如环烷烃C-H键和链烷烃C-H键，算出来了键能大小，想解释为什么环烷烃CH键键能更低
A:
去算拉普拉斯键级
Q:
化学键之间的电子云密度多少决定着化学键的强弱啊
A:
仅对于同类键才有可能有这种关系
Q:
都是C-H键
A:
拉普拉斯键级原文里很明确地展现了这种键级和键能有极强的相关性
你看看原文里用FOP，即原子之间模糊空间里电子密度积分值和键能的对比，比拉普拉斯键级差十万八千里
不懂波函数分析的人喜欢用电子密度说事
以前1群里梦藏秋发个文章，记得是里面是水和过渡金属配位，某个配位键键能大的反倒BCP密度还小了
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2016.06.13 16:37:03
Q:
画molecular electrostatic potential 图用opt 的chk吗？
画molecular electrostatic potential 图用opt 的chk吗？
我的opt chk 不全
A:
单点或opt的都行，自己一试就知道不用问
@ 单点或opt的都行，自己一试就知道不用问
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2016.06.13 16:38:39
Q:
请问下先优化AB再与C一块儿优化，与ABC一起优化有什么区别？前者后者分别什么时候适用呢？
A:
通常都一起优化，除非有特殊目的才先优化AB
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2016.06.13 17:29:27
Q:
想得到激发态的几何构型，关键词是
# b3lyp/6-311g(d) TD opt
可不可以？
A:
可
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2016.06.13 17:33:40
Q:
[图片]
这个RDG的图是不是说明立体作用不重要？
A:
等值面图重要性明显高于散点图。先看等值面图，想精细比较和讨论再说散点图。散点图完全体现不出弱相互作用出现的位置
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2016.06.13 17:35:47
Q:
求教：最近用高斯view画分子轨道图总是提示这个错误，是什么原因？谢谢！[图片]
A:
用Multiwfn绘制，或者重新生成fch再试，也有可能是存在线性依赖基函数所致（用弥散函数时容易出现）
Q:
重新生成fch也是提示同样的错误
A:
载入fch时有无什么提示？
Q:
载入fch时提示[图片]然后改成了independant
A:
看Multiwfn能否绘制，能的话就是gv的问题
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2016.06.13 17:43:11
Q:
老师，两个原子之间的作用，比弱相互作用要强很多，但是又比键要弱很多，这个在画图的时候应该画虚线吗？
A:
可以用虚线
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2016.06.13 17:45:49
Q:
老师，如果分子刚性特别强，怎么处理@Sobereva
A:
强就强呗
Q:
但是太强了，优化不动
A:
无语了...
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2016.06.13 17:47:35
Q:
老师，最近我在做改变键长的势能面扫描（PES scan），不知道如何查看结果文件。应该搜寻什么关键字呢？怎么查看每一步算得的单点能？
A:
gv里进results看
Q:
results里面的scan么？
但是没法点击呵~
A:
不可能，除非你关键词都写错了
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2016.06.13 17:47:52
Q:
[图片]
sob老师，这是一个有机分子的吸收光谱，如果我想做这个有机分子的发射光谱，该优化第几个激发态？第一垂直激发强度不弱，但是冥想没有第二垂直激发强，而且吸收光谱也基本是有第二垂直激发贡献的，我迷茫了！
[图片]
A:
第一激发态振子强度很大，就优化第一激发态就完了
Q:
我原来一直的理解是优化振子强度最大的态，也就是这个例子的第二个态，看来是我错了？
A:
当然不是！
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
研究荧光的人不知道kasha规则就像中国人不知道老毛
Q:
这个帖子我学习过，马上再学习下
总之，可以这样简略的说，如果第一激发态的振子强度足够大，不管其他的，就优化第一激发态几何就对了，可以这样说吗？@Sobereva
A:
y
Q:
另外，这是前几天我问你的那个例子，用M06-2X，CAM-B3LYP以及wB97XD等计算的光谱跟实验相比，都是蓝移30~40nm，这次用了你建议的PBE38，结果比较完美
[图片][图片]
前面的是PBE38的计算光谱，后面图的a是对应的是实验光谱
A:
不错
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2016.06.13 17:58:18
Q:
看等值面图，立体作用，等值面的值设多少合适？
A:
一般就用我提供的vmd脚本里默认的0.5，如果不合适再调节大概至多0.3
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2016.06.13 18:02:00
Q:
B3LYP/CBSB7这个算是什么水平的方法？
A:
[图片]
TZVP的档次
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2016.06.13 18:06:49
Q:
还有个问题，sob老师，如果我打算接着计算发射光谱，还有分子的非线性光学性质，如超极化率和双光子吸收截面等，还是用这个垂直激发相同的方法和基组吗
#p PBEPBE/6-311G(d) IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250) TD=(Nsta
tes=50) scrf=(smd,solvent=toluene)
@Sobereva
A:
不一定非得用算吸收的光谱，但PBE38完全可以用
基组到时候你得改
Q:
那如果算发射，哪个记住比较合适？
A:
算发射和算吸收一样就行
Q:
[图片]那这两句话，您指的是在做非线性的时候?
A:
y
Q:
那您觉得非线性什么水平比较合适？
cam-b3lyp?
A:
泛函还是先用PBE38
Q:
M06-2X？
恩，基组呢？
有什么讲究，要弥散？
A:
[图片]
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2016.06.13 18:08:05
Q:
请问sob老师：def2-TZVPP基组和def2-TZVP基组有什么区别呢？
A:
前者对于某些元素极化函数更多点，特别是对于氢
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2016.06.13 18:15:10
Q:
老师：您好！请问衡量芳香性的时候（用NICS研究），发现不同的配体对于相同环的芳香性有影响，用NICS研究的基础的是磁屏蔽效应，对于这个，请问影响磁屏蔽的因素有哪些呢？谢谢~~~~，或者可以从哪些角度去解释“不同的配体对于相同环的芳香性的影响，”谢谢····/抱拳
老师：您好！请问衡量芳香性的时候（用NICS研究），发现不同的配体对于相同环的芳香性有影响，用NICS研究的基础的是磁屏蔽效应，对于这个，请问影响磁屏蔽的因素有哪些呢？谢谢~~~~，或者可以从哪些角度去解释“不同的配体对于相同环的芳香性的影响，”谢谢····[表情]
[表情]
/咖啡
A:
你可以做个NCS分解，从轨道的贡献上试图讨论
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
http://sobereva.com/145
也可以绘制环电流讨论
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147
使用AICD 2.0绘制磁感应电流图
http://sobereva.com/294
Utilizing AICD and GIMIC programs to study magnetically induced current density (幻灯片)
http://sobereva.com/148
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2016.06.13 18:18:19
Q:
老师动力学班啥时候开？能不能像量子化学那样先给开个书单，同时在公社门口写点小文章让我们尽快入入门。
A:
平时有空先看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
Q:
一直以为是反应动力学班，原来是分子动力学/流汗
一直以为是反应动力学班，原来是分子动力学[表情]
A:
从来没说是反应动力学
Q:
反应动力学单独开班没有那么多内容吧
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.13 18:18:57
Q:
什么时候讲AMBER，我一定去学学@Sobereva
A:
amber未必会开
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2016.06.13 18:27:16
Q:
大家好台式机的内存接口一般是多少的
A:
DDR3、DDR4
Q:
inter i3的
本来装的DDR3 1333 SP312 NH08HDF
A:
装个aida64一看便知
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2016.06.13 19:03:47
Q:
按照sob老师的步骤，保存文件后，启动VMD，选File-Load State，选择ltwd.vmd。并未出现等值面的图。load之后提示错误是[图片]，[图片]相应已按步骤提示弄好了，这种是什么原因呢？
A:
用Multiwfn目录下examples里的RDGfill.vmd再试
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2016.06.13 19:07:29
Q:
跃迁密度矩阵能够反映分子的什么特性？
那你至少先明白这个矩阵要解决什么问题，然后才学习的啊？
哦，没有分析过，我做激发态计算，只是分析激发能，和跃迁轨道
A:
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
Q:
老师好，这个网页看完后，有相关的文献可以学习一下么？
A:
一些牵扯到跃迁密度图的文章
PHYSICAL REVIEW B 71, 033201
J. AM. CHEM. SOC. 2007, 129, 14257-14270
J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11408-11419
Chemical Physics Letters 401 (2005) 558–564
JCP,113,10002
Chem. Rev. 2002, 102, 3171-3212
----------------------------------------------------
2016.06.13 19:09:32
Q:
各位老师好，我想请教一下。在气相中做能量分解，是不是不需要考虑色散呢
有，但是在溶剂中优化过渡态的时候已经考虑了。现在需要在气相中做能量分解，还需要加吗？
A:
不是加不加的事
是你做能量分解的时候是否考虑的事
这跟你用什么能量分解方式关系极大
Q:
一开始，我加了，但是，计算出来ΔE小于零，我就想是不是不该加
# B3LYP/6-311G(d,p) scf=(maxcycle=2000) scf(tight) EmpiricalDispersion=GD3BJ这是我之前做能量分解时的输入
A:
垃圾关键词都去掉
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
本来deltaE小于0才说明有吸引相互作用。即便体系色散作用很弱，你把色散作用分解出来也丝毫没坏处
----------------------------------------------------
2016.06.13 19:13:06
Q:
请教一个问题，分子的固有偶极怎么计算？
A:
算完单点就输出了
Q:
但是算的结果有点异常，想问一下是不是跟算单点能时有点区别
在关键词设置上
A:
没有区别
----------------------------------------------------
2016.06.13 19:28:28
Q:
咨询一个问题，如何实现突出中间这个分子？[图片]
cif文件，通过MS打开能看到一片分子，如何才能突出咱们想说的中间这一个分子？谢谢
A:
用VMD
----------------------------------------------------
2016.06.13 19:44:05
Q:
算不同自旋多重度下的能量，能量最低的自旋多重度就是基态？@计算化学噶兵
A:
y
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2016.06.13 19:52:46
Q:
[图片]
这年头什么软件的培训都有
我就感觉lammps这么复杂的软件，几天估计很难掌握
我的邮箱经常接到这样的邮件
时间，地点，报名费？
墨家把通知传群里，看看可以吗？
A:
这个适合私聊
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2016.06.13 20:07:30
Q:
老师们，不好意思，我再发一遍我的问题。我的体系片段之间存在很明显的相互作用，计算过渡态结构的时候，是在溶剂中做的，并且考虑了色散作用。然而，我在气相做活化张力分析的时候，加上EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词，ΔE小于零，去掉就没有。我想，ΔE不能小于零啊，所以很纠结这个气相中色散的问题。恳请老师们能给我一些建议。/可怜
A:
没听说过活化张力分析
反正色散作用强的时候用B3LYP你必须加，否则结果没法用
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2016.06.13 23:00:30
Q:
群里好多是算高斯的，问大家一个问题，那就是什么是最大吸收波长，这个最大吸收波长是怎么定义的，算过的知道，最大吸收波长处的轨道贡献大多是HOMO--》LUMO，但是并不是完全是HOMO--》LUMO。那么这个最大吸收波长是怎么回事
A:
称不上“大多”是HOMO->LUMO
要搞清楚理论模拟的光谱是怎么来的，看此文
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.06.13 23:02:58
Q:
求教：VMD保存的图片如何提高清晰度？感觉保存的图片比较模糊
A:
“清晰”指代不明
若要提高像素就用渲染器渲染，看此文1.4节
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2016.06.13 23:07:20
Q:
老师您好，在使用multiwfn画electron density difference图时，对于同一个需要进行对比的体系，isovalue的值是不是尽量要取一样的呢？谢谢老师
A:
是
Q:
老师，做electron density difference图时isovalue是不是应该设置的小一些才能体现出氢键、范德华力的存在？还是使用默认即可？@Sobereva
A:
自行决定，调到看起来作用特征显著并且图像也比较干净就行
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2016.06.13 23:39:56
Q:
老师：您好！您上午说将芳香性分析分解为sigma和π贡献中，您帖子中这里计算得出的结果，是用重新编译后的高斯进行计算得出的，是吗？[图片][图片]
A:
不用重新编译
Q:
老师：您好！您说的芳香性分解为sigma和π，意思是根据这里的输出结果[图片]，然后找到是对应的轨道贡献，通过看轨道分析它是sigma轨道还是π轨道，从而将芳香性分解为sigma贡献和π贡献。是吗？谢谢老师···
A:
y
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2016.06.13 23:44:52
Q:
请问一下有人知道Gaussian如何更改比如LC-wPBE这个泛函的参数吗
[图片]
比如这里面的alpha、beta和gama如何调整谢谢
A:
LC-wPBE没这么麻烦，只需要改一个参数w
将3/107和3/108都设为MMMMM00000，就相当于用了ω参数为MMMMM/10000的范围分离泛函。对GGA加LC-时ω默认是0.47/Bohr，等价于0470000000。
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2016.06.14 00:22:56
Q:
请教大家Basin analysis看哪篇经典论文？谢谢！
A:
看具体哪方面的，各种实空间函数都能做盆分析。电子密度的盆分析看这里的：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
ELF的盆分析看群共享里 ELF综述和重要文献小合集
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2016.06.14 00:32:57
Q:
硬盘读写速度对运算速度影响大吗
A:
看你算什么，和磁盘读写关系密切的计算影响才大
Q:
就是算个优化构型吸收光谱什么的
A:
看你用的理论级别优化，后HF磁盘读写厉害
光谱计算通常也要大量磁盘读写
Q:
DFT
TDDFT
最常用的泛函是B3LYP
A:
TDDFT一样需要大量磁盘读写
Q:
基组6-31g或者6-311g
现在机器上装的都是固态但是容量比较小已经快满了
A:
正常
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2016.06.14 01:21:39
Q:
老师，思想家公社的回复，可以帮忙删掉么[表情]
A:
哪个帖子？
Q:
http://sobereva.com/223
A:
删掉yanli.liu最后发的那个comment？
Q:
嗯
谢谢老师
A:
那个是你发的？
Q:
嗯
A:
删了
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2016.06.14 01:27:34
Q:
用6-311g++d,p优化奥克托金分子大概需要多长时间，10核的设置
A:
用6-311G*优化够了，监控收敛趋势省得震荡了还瞎算
Q:
感觉算了半天都没希望啊
A:
给个结构图
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2016.06.14 01:28:22
Q:
sob最新的几个博文都没有加入索引里啊[表情]
A:
还要写新的，到时候一起加
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2016.06.14 01:29:27
Q:
Sob老师，您的意思是公式是正确的，虽然数据是大于0.1，能够发生跃迁，但是不同方法算出的振子强度0.04个单位不同，是什么原因？
A:
本来方法就有差别，振子强度不同很正常
Q:
老师，再问一下，molpro的输出文件能够MULTIWFN展峰吗，另外gamess是用公式计算消除了自旋污染得到的激发能，不能直接用gamess的输出文件展峰吧？
A:
不能直接读molpro输出文件，但自行把输出的能量、振子强度数据转化为Multiwfn支持的文本格式就行了，手册里有格式说明
[图片]
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2016.06.14 01:29:40
Q:
Multiwfn怎么读啊？有没有中文叫法？
A:
多功能波函数分析程序
猫替微负恩
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2016.06.14 01:34:41
Q:
请问老师一个分子基态是T0和氧气类似，怎样计算T0-S1的激发能
A:
0 1和0 3下分别算一次单点，求差
论坛里回了
Q:
老师是在opt 0，3的基础上算这两个单点能吗
A:
看你具体目的
Q:
老师我是要算S1和T1的能量差，用激发能相减
A:
你要求绝热能量差就两个都优化
要求T0结构下两个态能量差就在T0下优化
Q:
T0-S1的激发能减去T0-T1的
老师求T0-T1的激发能这样可以吗 0，3 td=(triplets,nstates=20,root=1) cam-b3lyp/genecp
A:
可
PS：开壳层波函数作为参考态时候写triplet没意义
Q:
老师是不是应该把triplet改成quintet
正解
A:
否
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2016.06.14 02:03:39
Q:
谢谢Sob老师，再请教一下，静电势作盆分析的结果，可以放在文章中发表吗？我没有找到相关的文献。
A:
当然可以
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2016.06.14 02:04:47
Q:
sob老师，有个小问题想请教您
[图片]这是我最近优化的一个结构，在优化完基态过后，得到的HOMO和LUMO，我想研究荧光的发光机理，就是LMCT,MLCT，ILCT之类的，请问通过这个图，我怎样判断它的发光机理呢？我听一些前辈说，激发态是没有HOMO,LUMO的，优化基态得到的HOMO,LUMO对应的是吸收谱图，也就是激发时的机理。荧光是发射谱图，那请问发射机理应该怎样解释/撇嘴@Sobereva
A:
优化激发态结构，然后看这个结构下的基态轨道
Q:
谢谢墨家老师~sob老师激发态的结构我已经优化过了，请问您的意思是在观察优化好的激发态结构的基态轨道吗？
A:
y
Q:
是的，冰老师，我在文献中看到优化基态结构得到的轨道图，被用来描述吸收谱图；不知道怎样的轨道图可以用来描述发射谱图，就是荧光
谢谢sob老师，那请问我应该怎样去观察呢？在优化完激发态结构之后，我将fchk文件导入multiwfn里，然后输出不了HOMO和LUMO
A:
不可能看不了HOMO和LUMO
进入主功能0绝对能看轨道，哪个是HOMO、LUMO根据电子数直接就判断出来了
Q:
谢谢冰老师，我可以这样理解吗：比如说基态结构优化，得到的HOMO/LUMO,H-L的跃迁是MLCT，那么发射的时候，跃迁机理就是LMCT么？
老师您看[图片]
A:
在右下角选轨道就完了
y
Q:
[表情] 谢谢老师，可之前的基态优化完毕后的结构，在对话框里就会显示HOMO/LUMO轨道以及energy gap的
A:
那是因为当前任务是后HF型任务，而非SCF任务
这根本不影响你看轨道
Q:
谢谢sob老师和冰老师。在我的这个结构里，基态优化完毕后，HOMO是81轨道，LUMO是82轨道。刚才按照您的方法我找了一下，发现轨道改变了：[图片]
sob老师，您刚才建议的考察激发态结构下的基态轨道，指的是我应该依然考察81-82轨道吗？
A:
如果激发态结构下S0-S1激发还是H-L主导，还是看81和82
Q:
谢谢sob老师，刚才我查看了轨道跃迁：[图片]
这个是激发态计算过后的结果
A:
没主导的，做electron-hole或NTO分析
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2016.06.14 02:32:04
Q:
@Sobereva我是想弄成这样的线状，之前说错了，不是tube，应该选哪一个啊[图片]
A:
挨个试试不就知道了
line
Q:
老师，试过了，还是这样，而且弱作用也看不到了[图片]
A:
你选上面那个representation啊
Q:
老师，不太会用，没找到。。
A:
[图片]
点CPK这个你再切换drawing method
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2016.06.14 02:32:15
Q:
老师，什么时候需要考虑自旋污染？含自由基体系？@Sobereva
A:
开壳层才会涉及
非DFT方法算出来<S**2>和理想值偏差大于10%的时候再考虑这事
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2016.06.14 03:47:23
Q:
请问群里放电子书籍的邮箱没有 essentials of Computational Chemistry Theories and Models 2d Ed - Christopher J. Cramer.pdf吗？
A:
有，索引里一搜就找到
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2016.06.14 04:44:20
Q:
亲们 aug-cc-pVDZ 和tzvp 有啥区别
A:
带弥散，zeta数少1级
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2016.06.14 04:48:58
Q:
请问VARIFLEX, version 2.0 这个软件哪里可以下到？
1.0太老了，2.03都有文献里面提到了
当然是他们自己的文献
A:
只能厚脸皮管他们要
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2016.06.14 05:44:50
Q:
请问大家 qst2方法搜过渡态没有找见还能在这个基础上继续搜吗
A:
基本没戏，QST2自动给的过渡态初猜往往很烂，如果最后一帧明显看出来都跑偏了，继续用opt=TS也于事无补
Q:
不是的看着没有跑偏但是不是正常结束
A:
具体问题具体分析，看报错、能量/受力曲线
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2016.06.14 06:04:15
Q:
群主老师，《将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法》一文里面，生成ELF等值线图的时候，我选择3个原子作为一个平面，生成了一个等值线图，但是这个图能不能调整角度，就是旋转的。
A:
这跟你怎么用哪三个点定义平面有关
[图片]
蓝色虚框就是实际作图平面
如果想精确控制，索性直接自定义平移矢量
或者作图时延展距离设大，然后自行ps来旋转
Q:
是不是3个点的顺序
A:
是
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2016.06.14 08:13:40
Q:
形成某弱作用后电子转移怎么衡量？NPA电荷？CDA?
A:
如果不打算分解出轨道的贡献用原子电荷加和成片段电荷就够了，Hirshfeld、ADCH、NPA等等都可以
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.06.08 22 ~ 2016.06.14 09 Concate（含既往全文）

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