氢键二聚体体系优化结果与文献差别很大求助

cdw32156 · 发表于 Post on 2023-2-27 20:36:20

用的文章中所给的M06-2X/6-31+G**泛函与基组进行优化，但是优化出来的构型与文章中差别很大，不知道是什么原因。文章链接：CF2H, a Hydrogen Bond Donor | Journal of the American Chemical Society (acs.org)

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-2-27 20:40:41

加上EM=GD3试试？

cdw32156 · 发表于 Post on 2023-2-27 20:54:40

喵星大佬发表于 2023-2-27 20:40
加上EM=GD3试试？

谢谢，我试一下，我用B3LYP-D3(BJ)算过差别也很大

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-28 02:01:23

摆得尽可能像作者优化完的结构再去用同级别优化，并且用小步长上限，如果优化不出来，直接发邮件问作者，可能作者的计算本来就是错的

cdw32156 · 发表于 Post on 2023-2-28 09:53:39

sobereva 发表于 2023-2-28 02:01
摆得尽可能像作者优化完的结构再去用同级别优化，并且用小步长上限，如果优化不出来，直接发邮件问作者，可 ...

好的，谢谢老师

Kayla1488 · 发表于 Post on 2023-7-9 13:32:40

你好，请问如何根据晶型文件来构建出二聚体呢，是直接绘制两个分子吗，如何能保证和晶型文件中的相对位置保持一致呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-9 16:11:24

Kayla1488 发表于 2023-7-9 06:32
你好，请问如何根据晶型文件来构建出二聚体呢，是直接绘制两个分子吗，如何能保证和晶型文件中的相对位置保 ...

如果要确定和晶体里的构型一致，那么正确方法是打开cif文件，取一个合适的超胞，再把多余的分子删掉。
如果要确定是最稳定的二聚体构型，那么和晶体构型一致是不足以确保这一点的，必须做构型搜索

Kayla1488 · 发表于 Post on 2023-7-10 10:30:47

感谢您的回复。还想请问您这里的构建超胞也需要先切割出合适的晶面再去构建吗？还是说我可以直接通过晶胞来扩胞呢？另外，可以请问一下您关于构型搜索的大致步骤吗？再次感谢您

Kayla1488 · 发表于 Post on 2023-7-10 10:51:14

Kayla1488 发表于 2023-7-10 10:30
感谢您的回复。还想请问您这里的构建超胞也需要先切割出合适的晶面再去构建吗？还是说我可以直接通过晶胞来 ...

您好之前只学习了部分MS的做法，刚刚看到可以使用Gaussview来对整个晶胞进行扩胞，扩胞问题已经解决

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