NAMD计算问题

wenhuidou

刚接触到这个软件，希望获得指导
1.如何计算蛋白质中每一个残基的有效电荷
2.如何得到某一蛋白质链的partial charge和bond order

liu_tiao

题目稍微写具体一点，虽然你选择了分类，最好在内容中把你要用的软件也写出来。让大神一眼看出来你的问题。。。。

sobereva

残基当中原子电荷是力场直接给定的。不同蛋白质力场定义的残基的原子电荷也不同。
没听说过蛋白质链还有partial charge。如果你要得到一个片段的净电荷，你就把片段里包含的原子的原子电荷都加和即可。
用于蛋白质的力场里一般没有键级这个概念。而且一般键级是对两个原子之间成键而言的，没法对蛋白质链而言。

感觉你对很多基本概念还不清晰。

ruanyang

NAMD有非常丰富的教程，你提到的“蛋白质中每一个残基的有效电荷”这个是可以直接在力场中指定的（除了那些比较特殊的残基）。建议你把NAMD官网上的教程都看！http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ ，想用好NAMD必须先学好VMD  http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/