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[分子对接] 怎么用Gaussian09进行两个小分子间对接

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怎么用Gaussian09进行两个小分子间对接,请大神指点!

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发表于 Post on 2016-6-25 16:35:43 | 只看该作者 Only view this author
高斯可以做分子对接?

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发表于 Post on 2016-6-25 16:46:48 | 只看该作者 Only view this author
小分子对接,具体是什么啊?Dock?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-25 16:49:33 | 只看该作者 Only view this author
就是模拟两个分子之间的相互作用,高斯应该可以吧,我看文献上有人用高斯做了,但不知道如何操作

是辣椒碱和甲基丙烯酸、丙烯酰胺一类的

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发表于 Post on 2016-6-25 18:27:35 | 只看该作者 Only view this author
高斯没法做对接。
如果用高斯等量化程序研究分子间相互作用,往往需要找到最稳定的结合构型,简单情况自己手动摆摆就行,大一点的体系需要做构型搜索,看此文的做法
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
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发表于 Post on 2016-6-25 22:00:49 | 只看该作者 Only view this author
yll1991 发表于 2016-6-25 16:49
就是模拟两个分子之间的相互作用,高斯应该可以吧,我看文献上有人用高斯做了,但不知道如何操作

是辣椒 ...

妹子你是第一个用自已的免冠照片做头像的!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-14 14:25:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-25 18:27
高斯没法做对接。
如果用高斯等量化程序研究分子间相互作用,往往需要找到最稳定的结合构型,简单情况自己 ...

我看文献上是先画出两个分子,接着进行构象优化,计算局部电荷,看看是否能形成非共价键(主要是氢键),然后构建两分子的复合物,计算能量变化,通过能量变化来判断相互作用的强弱。大致是这个过程,可是我不知道怎么操作啊,特别是过程中的一些参数设置。希望大家能帮帮我,感激不尽!

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发表于 Post on 2016-7-14 21:41:26 | 只看该作者 Only view this author
yll1991 发表于 2016-7-14 14:25
我看文献上是先画出两个分子,接着进行构象优化,计算局部电荷,看看是否能形成非共价键(主要是氢键), ...

不同体系适合的处理方式不同,不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径,仔细阅读理解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-15 10:14:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-14 21:41
不同体系适合的处理方式不同,不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径,仔细阅读理 ...

好的,我再仔细看看,不懂的再请教您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-15 12:15:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-14 21:41
不同体系适合的处理方式不同,不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径,仔细阅读理 ...

老师,因为我不是做这方面的,所以很多东西都不太懂,我看您发过来的涉及到的软件比较多,对于我来说,操作有点难度啊。我能不能把我看到的文献发给您看一下,要是您有时间的话帮忙看一下,不然我觉得我可能说不清楚。拜托了!

中药活性成分分子印迹聚合物的制备_识别机理与应用研究_刘含茂_2_2_2分子模拟.caj

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-28 13:08:46 | 只看该作者 Only view this author
咋没有人支个招呢?

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发表于 Post on 2016-7-28 13:54:47 | 只看该作者 Only view this author
yll1991 发表于 2016-7-28 13:08
咋没有人支个招呢?


仔细看我给你的帖子,都写得很详细了。没有人会义务给你细致入微地讲明白怎么操作,最有这样义务的人也是你的导师和组里的同学。搞研究就要自己探索,不然就成别人给你搞科研了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-3 10:24:31 | 只看该作者 Only view this author
哦,好吧,谢谢老师了,也麻烦大家了。我自己研究哈,谢老师指点!

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发表于 Post on 2019-10-8 09:12:46 | 只看该作者 Only view this author
你好   请问你现在会用高斯做两个小分子之间的对接吗?最近在接触这一方面,想请教您这个问题

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发表于 Post on 2019-10-8 09:18:58 | 只看该作者 Only view this author
E-Min 发表于 2019-10-8 09:12
你好   请问你现在会用高斯做两个小分子之间的对接吗?最近在接触这一方面,想请教您这个问题

上面都说了单凭高斯不能做对接
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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