求助：Dmol计算晶胞表面能的任务无法开启

冰皮麻薯麻

在得到Hg在石墨烯表面的吸附的几何优化结构后，我删除了Hg原子并对剩下的石墨烯表面进行表面能计算。然后在程序的启动阶段报错了无法启动。我试过其他的同类模型（汞在其他位点的吸附）都是可以正常运行的。报错如下：

outmol错误报警内容如下：
   Errors from parallel task 2:
   Error: failed establishing atom transformations
    ... Calling mpi_abort ...

具体outmol文件内容如下：

     ===============================================================
     Materials Studio DMol^3 version 2018            
     compiled on Nov 21 2017 23:05:02
     ===============================================================

     ===============================================================
     Density Functional Theory Electronic Structure Program
     Copyright (c) 2017, Dassault Systemes, all rights reserved.
     Cite work using this program as:
     B. Delley, J. Chem. Phys. 92,  508  (1990).
     B. Delley, J. Chem. Phys. 113, 7756 (2000).
     DMol^3 is available as part of Materials Studio.
     ===============================================================


DATE:     Apr  3 16:44:11 2023

Job started on host DESKTOP-OUB0DOA

This run uses    6 processors

Message: License checkout of MS_dmol successful
Message: License checkout of MS_dsolid successful

Basis set is read from file:
C:\Program Files (x86)\BIOVIA\Materials Studio 18.1 x64 Server\share\Resources\Quantum\DMol3\BASFILE_v3.5


parallel run with   6 processors

no INCOOR file: try ZMAT
no ZMAT file: try CAR

Geometry is read from file: sub_2.car                                                                                                                                                                                                                                                      

INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):
______________________________________________________________________>8

$cell vectors
             23.28803990135850    0.00000000000000    0.00000000000000
            -11.64401995067925   20.16803415892212    0.00000000000000
              0.00000000000000    0.00000000000000   37.79452249987180
$coordinates
C            -0.00002554342803   -0.00031920308840    0.89897076686432
C             2.32880399013585    1.34498760429235    0.89739689901249
C             4.65763352369973   -0.00031920308840    0.89897076686432
C             6.98643112656128    1.34489231107305    0.89811152729255
C             9.31519680438967   -0.00035670092390    0.89811152729255
C            11.64399440725122    1.34485481323755    0.89897076686432
C            13.97282394081510   -0.00045199414321    0.89739689901249
C            16.30165347437898    1.34485481323755    0.89897076686432
C            18.63045107724053   -0.00035670092390    0.89811152729255
C            20.95921675506893    1.34489231107305    0.89811152729255
C            -2.32892103977203    4.03314962821902    0.90179805415007
C            -0.00004893823746    5.37842362806452    0.90111981065682
C             2.32880399013585    4.03321284333736    0.89670162719713
C             4.65765691850916    5.37842362806452    0.90111981065682
C             6.98652902004373    4.03314962821902    0.90179805415007
C             9.31520142099060    5.37846592013520    0.90858143205588
C            11.64405200988296    4.03315573014468    0.90722811791955
C            13.97282394081510    5.37852211492098    0.91226595769343
C            16.30159587174724    4.03315573014468    0.90722811791955
C            18.63044646063961    5.37846592013520    0.90858143205588
C            -4.65786119034437    8.06669290339742    0.91908658777034
C            -2.32901611756256    9.41195451608817    0.91565677831718
C            -0.00080000988584    8.06600191181173    0.90251738028927
C             2.32880399013585    9.41172142403983    0.88891317388530
C             4.65840799015754    8.06600191181173    0.90251738028927
C             6.98662409783426    9.41195451608817    0.91565677831718
C             9.31546917061607    8.06669290339742    0.91908658777034
C            11.64403059361679    9.41214146102453    0.92393499572828
C            13.97282394081510    8.06686433557203    0.92260343044992
C            16.30161728801341    9.41214146102453    0.92393499572828
C            -6.98642261334509   12.10042830892067    0.92393499572828
C            -4.65786119034437   13.44587686654778    0.91908658777034
C            -2.32901611756256   12.10061525385703    0.91565677831718
C            -0.00080000988584   13.44656785813347    0.90251738028927
C             2.32880399013585   12.10084834590537    0.88891317388530
C             4.65840799015754   13.44656785813347    0.90251738028927
C             6.98662409783426   12.10061525385703    0.91565677831718
C             9.31546917061607   13.44587686654778    0.91908658777034
C            11.64403059361679   12.10042830892067    0.92393499572828
C            13.97282394081510   13.44570543437318    0.92260343044992
C            -9.31521596054340   16.13404765313450    0.91226595769343
C            -6.98644402961126   17.47941403980052    0.90722811791955
C            -4.65759344071889   16.13410384981000    0.90858143205588
C            -2.32892103977203   17.47942014172618    0.90179805415007
C            -0.00004893823746   16.13414614188068    0.90111981065682
C             2.32880399013585   17.47935692471812    0.89670162719713
C             4.65765691850916   16.13414614188068    0.90111981065682
C             6.98652902004373   17.47942014172618    0.90179805415007
C             9.31520142099060   16.13410384981000    0.90858143205588
C            11.64405200988296   17.47941403980052    0.90722811791955
$end
______________________________________________________________________>8


N_atoms =   50     N_atom_types =  1


INPUT_DMOL keywords (for archive):
______________________________________________________________________>8

#Warning: no global confinement specs in BASFILE
                                                                                                                                    <--
# Task parameters                                                                                                                   <--
Calculate                     energy                                                                                                <--
Symmetry                      on                                                                                                    <--
Max_memory                    2048                                                                                                  <--
File_usage                    smart                                                                                                 <--
Scf_density_convergence       1.000000e-004                                                                                         <--
Scf_charge_mixing             2.000000e-001                                                                                         <--
Scf_diis                      6 pulay                                                                                               <--
Scf_iterations                50                                                                                                    <--
                                                                                                                                    <--
# Electronic parameters                                                                                                             <--
Spin_polarization             restricted                                                                                            <--
Charge                        0                                                                                                     <--
Basis                         dnp                                                                                                   <--
Pseudopotential               none                                                                                                  <--
Functional                    pbe                                                                                                   <--
Aux_density                   hexadecapole                                                                                          <--
Integration_grid              coarse                                                                                                <--
Occupation                    thermal 0.0500                                                                                        <--
Cutoff_Global                 5.0000 angstrom                                                                                       <--
                                                                                                                                    <--
# Kpoint definition file (intervals/offset):                                                                                        <--
Kpoints                       file     5 5 1 0.0000 0.0000 0.0000                                                                   <--
sub_2.kpoints                                                                                                                       
                                                                                                                                    <--
# Calculated properties                                                                                                             <--
______________________________________________________________________>8


Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
PBE functional: Perdew Burke Ernzerhof: Phys. Rev. Lett. 77, 3865 (1996)


Fractional occupations and density functional energies and forces; Weinert Davenport: Phys. Rev. B 45, 13709 (1992)

Fractional occupations, iterative stability:
Delley in; Modern Density Functional Theory vol 2 pg 221 ff (1995),
  Elsevier, Seminario Politzer eds.

Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)

Parallel eigenvalue solution:
Parallel solution of partial symmetric eigenvalue problems from electronic structure calculations:
Auckenthaler, Blum, Bungartz, et al.: Parallel Computing 37, 783 (2011)


Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction

Calculation is Spin_restricted



The point group of the crystal is:
full hexagonal group
with inversion symmetry

Note: C3 point group operation found: mesh 3

Errors from parallel task 2:
Error: failed establishing atom transformations
... Calling mpi_abort ...

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 0 min 3 sec.