paraview查看gimic环电流图的一些小问题

天月风见 · 发表于 Post on 2023-4-10 22:27:44

从卢老师C18那篇文章得到启发。打算画一个GIMIC的环电流图，费好大劲终于装完并跑成功。现在有一些小问题想请教，希望各位老师不吝指教。

1 将原始结构作为gjf ，生成 fchk，然后gimic生成cml，最后转成bohr-cml的文件如下。请问：如何把图上没连的键连上。试过高斯的SYM2文件，没用。有其他方法能连键吗？
2 将jmod.vti载入画等值面图，黄色部分对应抗磁性（diatropic）,蓝色部分对应顺磁性（paratropic），请问当前结构是芳香性还是反芳香性？

wangzhe · 发表于 Post on 2023-4-11 09:31:36

可以用text editor打开cml文件后编辑，找到<bondArray>的部分，添加你想要连接的化学键，比如
<bond atomRefs2="a1 a2" order="1"/>
代表原子a1和a2之间有一个单键连接（order="1"）

天月风见 · 发表于 Post on 2023-4-11 10:05:43

wangzhe 发表于 2023-4-11 09:31
可以用text editor打开cml文件后编辑，找到的部分，添加你想要连接的化学键，比如

代表原子a1和a2之间有 ...

谢谢老师回复

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-11 12:27:37

这个图做得太难看，建议按此文的做法画
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216

天月风见 · 发表于 Post on 2023-4-11 15:30:41

sobereva 发表于 2023-4-11 12:27
这个图做得太难看，建议按此文的做法画
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://soberev ...

老师，请问当前体系是芳香性还是反芳香性呢？

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