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[GROMACS] pdb2gmx_mpi_d将pdb文件转换为gro文件报错

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利用命令pdb2gmx_mpi_d将四氢呋喃(醚类)转换为相应的gro文件并生成相应的ndx文件等,报错:Residue '2SX2' not found in residue topology database。

将其对应的rtp信息放入aminoacids.rtp 文件,同时也将ffnonbonded.itp文件修改,在 residuetypes.dat中加入了残基名称2SX2,他并不属于蛋白质、DNA、RNA、水和离子,类型就写的Ethers(醚类)。


请问一下是如果模拟残基是只能包括蛋白质、DNA、RNA、水和离子这四类吗?如果其他类也可以,那么应当如何进行添加,谢谢

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发表于 Post on 2023-4-11 17:30:35 | 只看该作者 Only view this author
加入rtp就完了。

不用管那提示
四氢呋喃之类分子体系根本没必要用pdb2gmx。直接用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,然后include到体系的top里就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-17 10:49:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-11 17:30
加入rtp就完了。

不用管那提示

好的,谢谢

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