阳离子之间非键相互作用能库伦项为负值

wangyueda

有个小问题请教下各位老师，使用gmx energy计算非键相互作用能时，发现体系中的Na离子之间的非键相互作用能库伦项竟然为负值（相互吸引），为啥会出现这种情况？附上我的mdp文件与edr文件

1. define =
   
2. integrator = md
   
3. dt         = 0.001   ; ps
   
4. nsteps     = 20000000 ; 20ns
   
5. comm-grps  = system
   
6. energygrps = NA FSI DME
   
7. ;
   
8. nstxout = 0
   
9. nstvout = 0
   
10. nstfout = 0
    
11. nstlog  = 1000
    
12. nstenergy = 1000
    
13. nstxout-compressed = 1000
    
14. compressed-x-grps  = system
    
15. ;
    
16. pbc = xyz
    
17. cutoff-scheme = Verlet
    
18. coulombtype   = cut-off
    
19. rcoulomb      = 1.0
    
20. vdwtype       = cut-off
    
21. rvdw          = 1.0
    
22. DispCorr      = EnerPres
    
23. ;
    
24. Tcoupl  = V-rescale
    
25. tau_t   = 0.2
    
26. tc_grps = system
    
27. ref_t   = 298
    
28. ;
    
29. ;
    
30. gen_vel  = no
    
31. gen_temp = 298
    
32. gen_seed = -1
    
33. ;
    
34. freezegrps  =
    
35. freezedim   =
    
36. constraints = none
    

复制代码

sobereva

改成cutoff-scheme = group

wangyueda

sobereva 发表于 2023-4-12 12:49
改成cutoff-scheme = group

报错了，老师

1. Fatal error:
   
2. OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are
   
3. only supported with cut-off scheme Verlet

复制代码

喵星大佬

wangyueda 发表于 2023-4-12 14:20
报错了，老师

-ntopm 1

wangyueda

喵星大佬 发表于 2023-4-12 14:26
-ntopm 1

还是报同样的错。我的这个任务是rerun前面的轨迹，是不是之前轨迹是在cutoff-scheme = Verlet下跑的，重新rerun之后就不能设置cutoff-scheme = group了？

sobereva

wangyueda 发表于 2023-4-12 14:32
还是报同样的错。我的这个任务是rerun前面的轨迹，是不是之前轨迹是在cutoff-scheme = Verlet下跑的， ...

-ntomp 1来禁用OpenMP并行。若还有问题贴具体提示

rerun用的和跑MD的可以不同

wangyueda

sobereva 发表于 2023-4-12 15:00
-ntomp 1来禁用OpenMP并行。若还有问题贴具体提示

rerun用的和跑MD的可以不同

1. Command line:
   
2.   gmx mdrun -v -deffnm 1.0-FE-253-rerun -rerun 1.0-FE-253-prod.xtc -ntomp 1
   
3. 
   
4. Reading file 1.0-FE-253-rerun.tpr, VERSION 2018.8 (single precision)
   
5. 
   
6. -------------------------------------------------------
   
7. Program:     gmx mdrun, version 2018.8
   
8. Source file: src/gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.cpp (line 199)
   
9. 
   
10. Fatal error:
    
11. Environment variable OMP_NUM_THREADS (13) and the number of threads requested
    
12. on the command line (1) have different values. Either omit one, or set them
    
13. both to the same value.
    

复制代码

喵星大佬

wangyueda 发表于 2023-4-12 15:25

你的环境变量有问题，设置一下

1. export OMP_NUM_THREADS=1

复制代码