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[GROMACS] 求助:表活剂液膜体系束缚水、体相水MSD分析方法

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Level 3 能力者

在Zhang等人的这项工作(https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120096)中提到了表面活性剂—水膜的多相体系模拟中水分子的分类:bound water, trapped water, bulk water
而后,他们针对不同的水分子计算了MSD,并绘制了图像。
现在我想针对自己的体系做类似的计算,想请教一下如何计算这三种不同水分子的MSD。
目前的想法是可以将水分子分组,使用gmx msd方法计算,或是编写脚本,将距离表面活性剂亲水头基在一定范围内的水分子标记为bound water而后计算。
想知道是否有更加直接的方法可以实现这个分析?

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Level 6 (一方通行)

小屁孩

2#
发表于 Post on 2023-4-13 21:09:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-13 21:12 编辑

这个文献本身就有大问题,从原理上说MSD就是没法这么算的,完全忽略了水分子离开了指定区域的问题,毫无严谨性。不知道这文章怎么过的同行评议

现在很多计算文章都这样,跑一大堆外行不太懂的数据,实则没有什么实际意义,甚至是瞎算,属于计算领域特有的灌水方式。
- 向着虚无前进 -

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