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[GROMACS] gromacs运行时如何将默认的溶剂水替换为其它溶剂?

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求问一下,gromacs运行时如何将默认的溶剂水替换为其它溶剂,如类苯类或者THF等极性或者非极性溶剂。

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发表于 Post on 2023-4-18 01:15:43 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “溶剂水替换为其它溶剂” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-4-18 01:17:14 | 只看该作者 Only view this author
这不是运行阶段的事,而是建模阶段的事

没有简单办法替换,分子尺寸都不同,小的溶剂分子替换成大的的时候也肯定造成严重的位阻

通常都是建模阶段(利用gmx solvate、gmx insert-molecules、packmol等)选择不同的溶剂
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