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[Sobtop] 求助Sobtop生成拓扑文件结合openbabel赋予的总电荷为-42,且很多C、H原子都是0电荷

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楼主
本帖最后由 吹梦到西洲 于 2023-4-25 09:47 编辑

根据Sobtop (sobereva.com)例二的方法,生成具有三个重复单元的拓扑结构,原子大概1200个,结合openbabel生成电荷的时候,总电荷为-42,并且很多C、H原子都是0电荷。如果不用openbabel选用文中提到的用Multiwfn赋予RESP电荷,是不是需要安装gaussian,有其他开源免费的平替吗?

202304231321356419..png (165.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202304231321356419..png

ph.mol2

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发表于 Post on 2023-4-23 13:39:19 | 只看该作者 Only view this author
卢老师有篇博文讲了怎么用orca算RESP、RESP2电荷http://sobereva.com/637

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发表于 Post on 2023-4-23 20:08:21 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Sobtop基于gaff力场生成拓扑文件,结合openbabel赋予电荷” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-4-23 20:09:38 | 只看该作者 Only view this author
上传输入文件

Multiwfn支持的波函数分析功能里>99%的都不需要非得用Gaussian,看下文,原子电荷都不例外
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 09:28:26 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-4-23 13:39
卢老师有篇博文讲了怎么用orca算RESP、RESP2电荷http://sobereva.com/637

好的,我去看一看  感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 09:30:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-23 20:09
上传输入文件

Multiwfn支持的波函数分析功能里>99%的都不需要非得用Gaussian,看下文,原子电荷都不例外 ...

您好,请问是指我输入sobtop的mol2文件吗?

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发表于 Post on 2023-4-25 00:25:08 | 只看该作者 Only view this author
吹梦到西洲 发表于 2023-4-24 09:30
您好,请问是指我输入sobtop的mol2文件吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-25 09:47:58 | 只看该作者 Only view this author

已经重新编辑进去了 请看

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发表于 Post on 2023-4-26 03:06:31 | 只看该作者 Only view this author
吹梦到西洲 发表于 2023-4-25 09:47
已经重新编辑进去了 请看

我这里没有任何问题,总电荷为0。sobtop输出信息都在附件里。有的原子电荷为零是因为MMFF94计算原子电荷方法就那么定义的。

MMFF94.txt (42.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 17:36:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-26 03:06
我这里没有任何问题,总电荷为0。sobtop输出信息都在附件里。有的原子电荷为零是因为MMFF94计算原子电荷 ...

好的,因为之前用opls-aa的时候没有0的charge 所以产生了一点疑虑 我这边也是这样结果,谢谢老师

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