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[GROMACS] 求助分子修饰后的力场文件建立

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本帖最后由 landian666 于 2023-5-11 08:34 编辑

我的体系是两段DNA通过一种小分子连接在一起,现在DNA的itp文件和小分子的itp都有,正常情况需要删除一些原子和拓扑参数,暴漏出他们之间连接的两个原子,然后修改itp,把他们都合成一个分子。但是这样做很麻烦,想请教一下可以用intermolecular_interactions中的bond字段,把连接两个分子的原子限制在它们成键的范围,也不再删除原子和拓扑参数,来代替共价键的作用吗?不知道这么做是否合理,或者有没有其他简便的合并两个分子itp的方法?


谢谢!

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发表于 Post on 2023-5-11 12:32:22 | 只看该作者 Only view this author
在[ intermolecular_interactions ]里照常加bonds, angles, dihedrals, pairs项设置修饰的部分和原始氨基酸部分之间的力场项就完了
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