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[CP2K] 请问一下使用cp2k跑AIMD,我这个盒子大小能使用单gamma点吗

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楼主
各位老师好,我的输入文件和体系上传到这里。想请各位看一下我这个盒子大小和体系跑AIMD能使用单gamma点吗,还是说需要做收敛性测试呢。如果需要做收敛性测试应该怎么做好一些。因为这个结构的优化一直是用vasp做的,所以想请问一下各位。

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发表于 Post on 2023-5-11 16:00:39 | 只看该作者 Only view this author
只考虑gamma点勉勉强强,能再扩50%长度更好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-11 16:09:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 16:00
只考虑gamma点勉勉强强,能再扩50%长度更好

谢谢sob老师的回复,主要是再大50%的话vasp结构优化就很费事了。我先用这个大小跑AIMD看看,谢谢您

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发表于 Post on 2023-5-11 22:39:04 | 只看该作者 Only view this author
Weldingspock 发表于 2023-5-11 16:09
谢谢sob老师的回复,主要是再大50%的话vasp结构优化就很费事了。我先用这个大小跑AIMD看看,谢谢您

有什么理由不用CP2K优化?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-15 17:30:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 22:39
有什么理由不用CP2K优化?

老师不让我毕业算么,他不太懂cp2k,也不让我用

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发表于 Post on 2023-5-15 19:37:44 | 只看该作者 Only view this author
Weldingspock 发表于 2023-5-15 17:30
老师不让我毕业算么,他不太懂cp2k,也不让我用

先斩后奏
反正想要的结果都算出来了,他也不可能再让你非得用VASP重算一遍
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发表于 Post on 2024-12-17 23:47:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 16:00
只考虑gamma点勉勉强强,能再扩50%长度更好

sob老师,盒子尺寸一般多大可以只考虑gamma点呢?我的是水溶液体系,17*17*17的尺寸,137个水分子+1个铁络合物分子,总共452个原子。这样可以只考虑gamma点吗

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发表于 Post on 2024-12-18 02:49:26 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-12-17 23:47
sob老师,盒子尺寸一般多大可以只考虑gamma点呢?我的是水溶液体系,17*17*17的尺寸,137个水分子+1个铁 ...

看体系特征(与周期镜像的耦合程度),不光看盒子尺寸
这种分子液体,当前盒子尺寸可以只考虑gamma点
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sobereva 发表于 2024-12-18 02:49
看体系特征(与周期镜像的耦合程度),不光看盒子尺寸
这种分子液体,当前盒子尺寸可以只考虑gamma点

老师,我的体系是交联聚合物与水的体系,共561个原子(交联聚酰胺426个原子+45个水分子),之前做模拟交联,z方向非周期性的原因,导致后来加完水分子,298K后弛豫的盒子尺寸XY和楼主的相近:13.18埃*13.18埃*31.715埃。用cp2k做高温下聚酰胺水解的FPMD,不知道盒子大小是否合适呢,不知道该怎么考虑衡量盒子尺寸的大小,毕竟,盒子越大,原子数越多,耗时越久。不如分子力场下的盒子大小好确定:截断半径要小于盒子最短边长的1/2。(我提供了体系结构pdb文件和cp2k的输入文件)
2.我看cp2k讲义中的FPMD部分,没有要考虑k点收敛的,最多就是增加截断能
感谢sob老师

polyamide_opc3.pdb

44.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

体系结构文件

polyamide_opc3_FPMD_xTB.inp

36.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

cp2k输入文件

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基于DFT、MD模拟的自由能计算
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发表于 Post on 2025-3-6 02:27:48 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-3-5 21:26
老师,我的体系是交联聚合物与水的体系,共561个原子(交联聚酰胺426个原子+45个水分子),之前做模拟交 ...

如果只是关注于描述局部水解瞬间的过程,没什么问题。如果还关心之后产物扩散、分布等问题,就太小,当然FPMD本来也不适合研究后者,很难算得动。
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发表于 Post on 2025-3-6 13:48:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-6 02:27
如果只是关注于描述局部水解瞬间的过程,没什么问题。如果还关心之后产物扩散、分布等问题,就太小,当然 ...

感谢卢老师
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