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[GROMACS] 求助:模拟中得到的构象如何在下一次模拟中保持稳定结合

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本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-12 17:05 编辑

前面放了两条链以及两个配体在水体系下进行模拟,通过计算得到了自由能较低的一帧构象,该构象为两条主体夹着一个配体,通过氢键结合,我希望拿这个构象去放到另一个体系(醇水体系)进行下一次模拟,跑完后结构发现该构象在跑的过程分散开来了,请问有没有什么办法能让这个构象在模拟过程始终结合在一起呢?
我尝试对xtc文件进行了-pbc whole,-pbc mol -center(让目标构象居中),再通过-pbc cluster(选择目标构象),但依然没能解决问题。

构象.png (40.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2023-5-12 18:04:49 | 只看该作者 Only view this author
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合,还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况,尝试先把结合区域加上限制势模拟一段时间,然后再把限制势放开继续跑(续跑时候读取之前模拟最后的状态)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-12 18:31:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合,还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况,尝试先把结合 ...

但实际上第一次模拟的得到的构象在水体系下也只维持了100帧不到,没有办法让这个构象的三个分子稳定结合在盒子中心吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-13 11:22:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合,还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况,尝试先把结合 ...

sob老师,请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢?

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发表于 Post on 2023-5-13 13:54:01 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师,请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢?

对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

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发表于 Post on 2023-5-13 16:11:41 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师,请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢?

看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行,借助gmx genrestr也行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-13 17:30:35 | 只看该作者 Only view this author
萌新杨同学 发表于 2023-5-13 13:54
对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

感谢感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-13 17:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-13 16:11
看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行,借助gmx genrestr也行

感谢sob老师

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