求助：gromacs在构建溶剂盒子和能量最小化时遇到的问题

ngaoo · 发表于 Post on 2023-5-13 12:59:54

老师，您好，我有几个问题想请教下您。学生想做’分子在溶剂中的分散情况‘（例如儿茶素在乙醇中的分散情况）
1：gromacs建模过程中，学生已经掌握了使用sobtop去生成.top,.itp,.gro文件类型。接下来就要进行构建盒子，而gromacs软件也可以进行定义盒子和溶剂化的操作。
学生想问的是：我使用packmol将溶剂分子和小分子填充进盒子是不是就相当于定义盒子和溶剂化？再后续的添加离子的操作在gromacs中进行？
2：gromacs进行能量最小化时，调用的.top文件是通过sobtop产生的top文件吗？调用的.gro文件是添加离子后的gro文件吗？
学生刚开始接触，问的问题都比较初级，希望老师多包涵。

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-13 13:50:52

1是
2能量最小化时的mdrun用的是tpr文件，而使用grompp生成tpr文件时使用哪个top文件完全看你自己的定义，你想对哪个结构进行能量最小化就要在grompp时使用相应的结构

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-13 15:59:12

你必须手动编辑top里的信息，主要包括include恰当的itp、设置[molecules]里的内容，后者必须和当前的gro文件完全对应。

PS：GROMACS使用上有太多细碎的东西，有大量关键性规则，如果之前没系统学过，容易用得稀里糊涂各种碰壁，还可能算出来的结果是你没意义的，这些东西不是几句话能说清楚的。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有全面系统细致的讲解，并且给了大量例子，学一遍就全明白了。

ngaoo · 发表于 Post on 2023-5-13 16:09:34

萌新杨同学发表于 2023-5-13 13:50
1是
2能量最小化时的mdrun用的是tpr文件，而使用grompp生成tpr文件时使用哪个top文件完全看你自己的定义， ...

好的，非常感谢

ngaoo · 发表于 Post on 2023-5-13 16:22:28

sobereva 发表于 2023-5-13 15:59
你必须手动编辑top里的信息，主要包括include恰当的itp、设置[molecules]里的内容，后者必须和当前的gro文 ...

好的，老师

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