求助，关于VMD可视化.dcd轨迹文件的问题

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-5-17 20:12:50

各位老师好，我用cp2k运行AIMD生成.dcd轨迹文件（选择.dcd的原因是.xyz不包含晶格信息，.pdb对于原子位置的坐标太不精确）。但是在后处理的时候遇到了一些问题：
1. 轨迹文件中自动判断了我的成键关系。其中水分子和FA基团内部的成键是准确的，但是黄色的铅原子与碘原子却没有成键。我参考谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)这篇文章中的dynamic bonds，但是在选择原子时出现了问题。如图所示，我选择了铅和碘原子之后他们并没有成键，改动distance cutoff也没有作用。
2. 于是我把.dcd文件用mdconvert转换成了.pdb轨迹文件，上面的问题依然没有解决，甚至出现了新的问题。输入pbc box -on之后不会出现晶格边界，命令行界面报错。而我的.pdb文件显示是有晶格信息的，如图所示。
所以想问一下大伙：
（1）.dcd文件有什么好的方法添加dynamic bonds这个选项吗
（2）为什么我的.pdb文件无法显示晶格边界

烦请有识之士解答，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-18 00:20:19

1 dcd不包含原子信息，只包含坐标。VMD是否接收到了元素信息取决于你载入dcd之前载入的结构文件是否有元素信息，然而你又没交代

2 老老实实用dcd记录轨迹就完了

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-5-18 10:29:14

sobereva 发表于 2023-5-18 00:20
1 dcd不包含原子信息，只包含坐标。VMD是否接收到了元素信息取决于你载入dcd之前载入的结构文件是否有元素 ...

sob老师好，我载入dcd轨迹之前用的是.xyz文件载入的结构，里面是有元素信息的。但还是无法加载dynamic bonds

lyj714 · 发表于 Post on 2023-5-18 13:02:06

本帖最后由 lyj714 于 2023-5-18 13:04 编辑

element Pb and element I，这就是取的交集啊，能选中原子才怪。除了这个，还必须确定vmd已经正确读取了元素名称，一般都是应该用pdb格式最后一列有元素名称的初始结构。

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-5-18 13:25:30

lyj714 发表于 2023-5-18 13:02
element Pb and element I，这就是取的交集啊，能选中原子才怪。除了这个，还必须确定vmd已经正确读取了元 ...

谢谢！我也发现了……选了element Pb I之后就正常了，谢谢各位回复

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] 求助，关于VMD可视化.dcd轨迹文件的问题