计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1088|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] GROMACS参数文件中如何添加墙,或者如何限制离子在某一个范围内运动

[复制链接 Copy URL]

16

帖子

0

威望

157

eV
积分
173

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
图中是我的体系中间是肽链,以及一些离子。整个体系中填充了水分子,未显示出来。我想让肽链周围的离子在肽链的X,Y方向运动,不超过肽链的Z方向。问题:1,我如果设置墙的话应该如何设置,MDP文件应该如何写。(不是在盒子的z方向两端加墙,是在盒子中肽链的某个位置加墙。并且没有实体的离子,只有距离)是不是该采用pdb=xy 并且采用NPT系综。2,如果不添加墙的话有没有办法仅仅使得体系中的某些离子在Z方向的某一个范围内活动,这样的话体系是不是可以采用pbc=xyz三个方向的周期性。是不是也用NPT系综?  希望大佬帮帮忙谢谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 12:51 , Processed in 0.171643 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list